无人像你 发表于 2018-11-27 16:19:17

QM/MM 求救

大家好，我是用AMBER软件QM/MM模拟酶催化反应中的过渡态，涉及键的打断和生成，因此在QM体系未用qmshake我先跑了传统的MM，拿得到的构象在跑QM/MM，逃过了能量最小化，直接加热了，
heating
&cntrl
imin=0,irest=0,ntx=1,
nstlim=15000,dt=0.002,
ntc=2,ntf=2,pencut=-0.001,
cut=10.0, ntb=1,
ntpr=500, ntwx=500,
ntt=3, gamma_ln=2.0,
tempi=0.0, temp0=300.0,
nmropt=1,
ifqnt=1
/
&qmmm
iqmatoms=2058,2059,2060,2061,2062,2471,2472,2473,2474,2475,2476,2477,2468,2469,2470,2907,2908,2909,2910,2911,2912,
3317,3318,3319,3320,3321,3322,2432,2433,2434,2435,2436,2437,2438,2439,2440,2441,4790,4791,4792,4793,
4794,4795,4796,5475,5476,5477,3730,3731,3732,3733,3734,3735,4474,4475,4476,4477,4478,4479,4480,4481,4482,
5452,5453,5454,5455,5456,5457,5458,5459,5460,5461,5462,5463,5464,5465,5466,5467,5468,5469,
qmcharge=0,
qmshake=0,
qm_ewald=1, qm_pme=1
/
&wt TYPE='TEMP0', istep1=0, istep2=25000,
value1=0.1, value2=300.0, /
&wt type='REST', istep1=0,istep2=5000,value1=0.1,         
    value2=1.0,/               
&wt type='REST', istep1=5001,istep2=25000,value1=1.0,         
    value2=1.0,/
&wt TYPE='END' /
LISTOUT=POUT                     
DISANG=RST.wc
一般QM/MM跑到1500步的时候报错：
vlimit exceeded for step 2097; vmax =30.5631
vlimit exceeded for step 2109; vmax =21.6750
vlimit exceeded for step 2128; vmax =44.4280
vlimit exceeded for step 2158; vmax =21.9989
vlimit exceeded for step 2161; vmax =24.0374
vlimit exceeded for step 2162; vmax =85.4714
Coordinate resetting (SHAKE) cannot be accomplished,
deviation is too large
NITER, NIT, LL, I and J are :00 1481 2940 2942
Note: This is usually a symptom of some deeper
problem with the energetics of the system.
请高手赐教啊！

假装无所谓 发表于 2018-11-27 16:19:32

一般都是在MD的最后一步才启动QMMMMD，
前面所有步骤（EM1， 2； MD1）没有特别原因都一律体系整体MM，
虽然 Ross Walker 在tutorial里没写，我通过邮件问过他，
Duan Yong， DA Case也曾向我确认过。

素年未逝 发表于 2018-11-27 16:19:58

还有一点忘了，DA Case 建议我 QMMMMD 时，步长 dt 最好为 0.001。

无人像你 发表于 2018-11-27 16:20:05

我是先跑了一般的MM，但是由于涉及过渡态有些键需要被打断，这是传统的MM不能实现的，所以就以MM得到的最终构想做QM/MM
你的意思是我拿到MM最后的构象之后可以直接进行最后一步 的production MD吗？

假装无所谓 发表于 2018-11-27 16:20:10

请问你的QM区是用的哪种方法？用的AMBER11的版本吗？

无人像你 发表于 2018-11-27 16:20:23

是的，就是直接用AMBER11的
页: [1]
查看完整版本: QM/MM 求救