离别伊人憔 发表于 2018-11-27 16:40:02

关于显示溶剂模型与隐式溶剂模型

各位同志，显示溶剂模型（explicit-solvent model）与隐式溶剂模型（implicit-solvent model ）有什么主要区别。做amber时加的TIP3P水是显示溶剂模型是吗，amber能用隐式溶剂模型算吗，谢谢大家了！

暴走的短腿猫 发表于 2018-11-27 16:40:21

TIP3P是显示溶剂模型，通常情况下，我们都选择显示溶剂模型，虽然隐式溶剂模型算起来要快很多
二者的主要区别是能量函数不同，隐式水减少了体系的自由度，而显示水考虑的溶剂化效应，增加了计算量。

离别伊人憔 发表于 2018-11-27 16:40:32

谢谢学长，你看看邮箱，给你发了封邮件

画成描眉 发表于 2018-11-27 16:40:45

觉得还是显示溶剂模型要实际点

暴走的短腿猫 发表于 2018-11-27 16:40:50

在做REMD的时候，用隐式溶剂要相对简单一点。
如果，模拟时间很长的话，可以考虑采用隐式溶剂。

离别伊人憔 发表于 2018-11-27 16:40:55

:handshake
页: [1]
查看完整版本: 关于显示溶剂模型与隐式溶剂模型