空城依旧 发表于 2018-11-27 16:42:30

有人用amber做过径向分布函数吗?请问???

请问大家做径向分布函数的三个结果,一般用哪个啊?论坛里面有人说用那个standard的,但是我发现用standard做出的图结果没有趋近于1啊,是不是不对啊?反而我用carnal.xmgr做出的图貌似结果最后是趋近于一的,难道是我做错了?看amber说明和官方邮件里面说
carnal style RDF contains un-normalized data, the
other two are normalized RDFs. The standard style RDF presumes a density
value of water unless assigned other-wise. The "volume" one is using volume
of the box to calculate the density,但是标准的并不归一啊?另外看到一些文献里面似乎都是用那个standard.xmgr做的图解释这个分布函数的,里面的值最后都没有趋近于1,这样的解释对吗?但是我在陈正隆的2007版分子模拟书里面看到径向分布函数图最后应该是趋近于1的啊?书里面应该不会错的。如果那样,那amber里面的那个standard又该怎么解释呢?
各位大侠,有人知道是为什么吗?还望不吝赐教啊!
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