靶向分子动力学(TMD)关于tgtrmsd,tgtrmsmask和tgtfitmask的问题
各位大虾,我在TMD的过程中,有一些问题不是太清楚,希望大家帮忙解决一下,不胜感激。在我的体系中,tgtfitmask和tgtrmsmask不同,tgtfitmask是需要重叠的残基,力是加到了tgtrmsmask上吗?tgtrmsd是tgtfitmask与参考结构的rmsd值还是tgtrmsmask与参考结构的rmsd值。current rmsd from reference :16.773
current targeted rmsd : 11.510
这两个值相差如此之大 正常吗?还有current rmsd是如何计算出来的?current targeted rmsd是不是tgtfitmask与参考结构的rmsd值?多谢各位了
自己先顶一个 我想和你 问问TMD的运行问题 靶向分子动力学(TMD)主要用来解决什么问题呢???
thanks... :L:L:L:L:L
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