带结晶水的复合物mmpbsa应该怎么算?
我做得体系是蛋白质和配体,还含有一些结晶水,在进行mmpbsa 结合能计算时,结晶水参与计算吗,如果参与计算是和受体一起保存成.prmtop文件吗?计算熵时结晶水需要参与计算吗?谢谢!PREFIXsnapshot
PATH./
#
COMPLEX1
RECEPTOR1
LIGAND1
#
COMPT./com.prmtop
RECPT./acp.prmtop
LIGPT./ lig.prmtop
我也想知道 通常情况下计算PBSA的时候是不能加水的,因为PBSA就是采用的隐式水模型,如果晶体结构中有结晶水的话,在跑MD的过程中不要把水删除,然后在分析MD过程中结晶水参与的作用,分析其动力学性质,个人见解 我想请教一下楼主,你在模拟过程中结晶水不跑吗?你是如何处理的呢? :L:L:L:L:L
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