梦里清欢长 发表于 2018-11-27 17:00:47

关于rmsd过大！

各位坛友，关于用amber模拟dna，我在模拟过程中发现了rmsd甚至能到达10，不知道这个是否正常？rmsd过大就一定不稳定容易解体吗？

听闻余生 发表于 2018-11-27 17:01:04

RMSD到10应该说是不合理的 不知道你的体系是怎样的 如果是蛋白晶体结构直接RMSD的话 那这个数值是绝对不合理的 同源模建的结果 一般也不大可能达到这么大的RMSD 这说明蛋白的结构高度不合理 或者高度柔性 两者可能性都不大 建议把体系详细的说一下才好判断

梦里清欢长 发表于 2018-11-27 17:07:48

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