用amber算出的结合能趋势和实验值不符
先用sybyl做了同一个小分子对不同物种的同一蛋白质的对接(该类蛋白质含有一个zn离子),然后用amber跑了4ns,稳定后,算了结合能。可是算出的结合能趋势和实验值不符。想请教大家可能的原因有哪些?谢谢大家了!其中还有一个体系的结合能算出来是正值(6.38 kcal/mol)。很疑惑,望大家帮忙给看看分析分析,谢谢了。 你算出了正的结合能,那肯定是你那里算错了,我猜你的分子不一定在蛋白口袋里面呢~你再查看下
另外,模拟是不可能完全和实验值一致的,不一致也正常,一致当然就好了 先检查一下初始结构以及最终结构是否合理,用amber算出的结合能偏差本来就不小,如果实验室只有几千卡的话就很难对上,但这并不影响不同对接结果的对比分析,但变化趋势还是要对的,建议再跑一段,等体系足够稳定后再算算试试 好的 谢谢
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