Amber MD模拟中的 restart file 坐标值过大的问题
今天在用Amber跑官方教程上的MD的时候出现了以下的错误forrtl: severe (64): input conversion error, unit 9, file /misc/home/mabiao/amberMD/casestudy/ham/md_0921/02/testequil/heat.rst.007
Image PC Routine LineSource
sander.MPI 0000000000CE8F8FUnknown UnknownUnknown
sander.MPI 0000000000CE746EUnknown UnknownUnknown
sander.MPI 0000000000CBABD4Unknown UnknownUnknown
sander.MPI 0000000000C7A5A6Unknown UnknownUnknown
sander.MPI 0000000000C7A207Unknown UnknownUnknown
sander.MPI 0000000000C951AFUnknown UnknownUnknown
sander.MPI 00000000004F184CUnknown UnknownUnknown
google了之后看到有别的朋友也遇到过类似问题，具体请参考如下连接：http://archive.ambermd.org/200907/0008.html
有网友解释说是因为跑长时间MD的时候有时会出现rst文件中的原子坐标值超出预定值而出现＊＊＊＊＊字符，造成后续计算在读取这个rst文件的时候出错。如果是做水环境周期边界计算的话，在input文件中加入iwrap ＝ 1就能防止出现原子坐标超大的问题。
我的问题不适合上面的做法，因为我没有加水并且不是周期边界条件计算，加了iwrap＝1，反而出错：Error: IWRAP=1 cannot be used without a periodic box.
最后仔细分析出错的rst文件，发现坐标变大，出现＊＊＊＊符号的原子是我系统的倒数第八个原子，最后八个原子的坐标也比别的大。看了一下初始结构的PDB文件发现最后八个原子是我在leap中为了中和带电量而加的八个Cl原子。
因为做的是真空环境模拟不用考虑电中性，而我画蛇添足多加了几个原子后计算过程中他们的坐标被放大很多，最后出现rst文件出错。
因为是新手，所以很多时候照着教程死板硬套就容易出现意向不到的错误，在这里借分子模拟论坛把我的学习经验写出来，以给后来的朋友做下参考！
有不妥之处希望高手们能给指出！
我的也是这个问题，且没有生成rst文件 希望对你有用。
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