pmemd的问题
我想在跑MD的时候用pmemd代替sander,ntr=0的时候(位置限制关闭)的时候pmemd可以运行;当ntr=1(位置限制开启),pmdmd就不能运行。不知道为什么?out文件中在5.reference atomcoordination这里断掉,好像是限制的group 找不到
但是这些限制的group是按照amber6、7的格式写的,用sander运行可以正确识别并运行;为什么用pmdmd就不能了呢?
是不是pmemd只能跑自由体系?还是限制的group格式比较特殊呀?
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