失之永失 发表于 2018-11-28 10:24:31

有关对 对接 产生的复合物进行聚类分析!!!

大家好:
对 对接产生的大量复合物结构,通常是通过聚类的方法得到优势簇,然后结合实验信息进一步进行过滤。。
我的编程能力有限,我的疑问是有没有什么现成的软件进行聚类 ??
对于protein-prtotein 体系可以用mmtsb,但是对于Protein-nucleic acid ,我就无能为力了。。
感谢大伙支招...

自欺欺人 发表于 2018-11-28 10:24:52

用Discovery Studio可以对ZDock的对接结果进行聚类分析,学术版的也可以做聚类,就是麻烦点,网上有教程,楼主可以跟着一步步的做

失之永失 发表于 2018-11-28 10:25:13

DS 免费的吗??还有 在win下还是liunx平台下可用呢?
另外,Z-Dock 实际上主要用来做Protein-protien 的对接,核酸参数是没有,不过我倒是向作者要过一份,
用Z-Dock 做过protein-RNA对接.. 对这样的体系DS也可以clustering的???
要是谁能修改下MMTSB里的source code 使之也可以用来对待非蛋白体系执行 superimpose 和 cluster 就好了。。

自欺欺人 发表于 2018-11-28 10:25:21

DS是商业软件 收费的 Windows下和Linux下都可以用
你既然可以用ZDock做蛋白核酸对接了 那继续按照教程做聚类不可以吗?
我没做过蛋白核酸体系,所以如果不行的话,那是我想当然了,sorry~~

失之永失 发表于 2018-11-28 10:25:49

:handshake
页: [1]
查看完整版本: 有关对 对接 产生的复合物进行聚类分析!!!