用leap加水遇到的问题
我按照教程利用solvatebox com TIP3PBOX 12.0对体系加水,然后用sander做MD模拟,但是我用VMD看跑出的轨迹时,我发现水分子越跑越散开,我特意下载了教程提供的轨迹文件用VMD看发现他的轨迹也存在着同样的问题,难道solvatebox com TIP3PBOX 12.0命令不是将体系的边界限定好了吗?还需要用setBox文件对边界进行限制吗?谢谢了
如果你是做的周期性模拟的话,这样是正常的。跑出盒子的水会在盒子的另一边再回到盒子里,这只是对计算来说的。在轨迹文件中,跑出盒子的水分子的坐标是不会变的,所以在用VMD看时,水会慢慢散开。 谢谢了,那我如果只用solvatebox命令加水,而没使用setbox命令算不算周期性模拟呢?
跑完的轨迹用ptraj中的image命令处理过,就不会出现楼主所说的现象了。如果觉得image麻烦,还可以直接在mdin中设置iwrap=1(前提是你不关心体系的扩散现象),然后再跑动力学。 明白了,真的非常感谢你啊,祝你工作顺利。
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