最小化分子晶体时报错
请高手帮忙 我在模拟分子晶体时遇到了一些麻烦 如下：sander的版本为amber11中的新的
输入文件为：
&cntrl
imin = 1,
maxcyc = 500,
ncyc = 250,
ntb= 1,
igb= 0,
ntr= 0,
cut= 8
/
周期性盒子参数 为超胞的晶格参数
20000个原子
非立方盒子而是三斜的盒子
报错信息如下：
APPROXIMATING switch and d/dx switch using CUBIC SPLINE INTERPOLATION
using 5000.0 points per unit in tabled values
TESTING RELATIVE ERROR over r ranging from 0.0 to cutoff
| CHECK switch(x): max rel err = 0.2738E-14 at 2.422500
| CHECK d/dx switch(x): max rel err = 0.8332E-11 at 2.782960
---------------------------------------------------
* NB pairs 1385 6666506 exceeds capacity ( 6666666)
SIZE OF NONBOND LIST =6666666
SANDER BOMB in subroutine nonbond_list
Non bond list overflow!
check MAXPR in locmem.f
……你是怎么做出三斜的盒子的？似乎amber没有正确处理你的体系啊，NB list 溢出…… 我 利用了ambertools 1.5 构造的三斜的盒子 非人为手动修改 以 tinker为例盒子应该和超胞的尺寸一致 不知阁下有何高见 可以帮助小生把问题解决
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