单纯的像孩子 发表于 2018-11-28 14:12:34

amber中限制原子距离——请高手指点

用amber 模拟蛋白质结构，固定活性空腔和小分子的氢键，是不是只需在升温中固定？生成dist文件时，出现下面的情况怎么解决啊？
# makeDIST_RST
Currently configured for up to 5000 atoms
ERROR Argument (-upd) not recognized.
ERROR Argument (7col.dist) not recognized.
ERROR, NOE, UAL or VOL file not specified
（（7col。dist中的参数坐标已经使用ambpdb生成的pdb坐标））
请高手指点一下！！！！！！！！！！！！！！

白衬衫 发表于 2018-11-28 14:12:47

如何定义我也不太清楚
不过从你的输出来看，你因该把-upb 写成-upd了

单纯的像孩子 发表于 2018-11-28 14:12:51

后面改成upb。出现下面：
# makeDIST_RST
Currently configured for up to 5000 atoms
Using MAP file /usr/local/amber8_64/dat/map.DG-AMBER
makeDIST_RST: makeDIST_RST.c:675: read_pdb_file: Assertion `nat < 5000' failed.
Abort
是不是我的pdb文件还要用map.DG-AMBER
处理啊

洒向巴黎的街 发表于 2018-11-28 14:13:09

源程序中应该是设置了原子数的限制，小于5000。
你的PDB文件中原子数超过了这个限制。

单纯的像孩子 发表于 2018-11-28 14:13:27

谢谢      
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