迷人的混蛋 发表于 2018-12-4 16:19:12

配体是选ZINC数据库还是PDB文件上的？

我的PDB文件中有受体和配体，用autodock做模拟结合时，配体是选这个PDB中的，还是从zinc数据库上下载？二者有什么差异吗？
另外，如果从PDB上取配体，用autodock给配体加氢时，会把一些N原子也加上氢，但这些N原子是不应该加氢的啊，用chimera加氢就不会出现这个问题，可以用chimera加完氢再到autodock上做模拟结合吗？

感情废物 发表于 2018-12-4 16:19:21


zinc数据库里的有些配体很难买到

迷人的混蛋 发表于 2018-12-4 16:19:29

嗯嗯~谢谢啦~
页: [1]
查看完整版本: 配体是选ZINC数据库还是PDB文件上的？