晨曦遇晓
发表于 2018-12-5 17:07:02
你安装完autodock后，就会有autogrid.exe的文件啊
神宇
发表于 2018-12-5 17:49:29
raccoon 也可以用于处理蛋白吗？会有错误的情况吗？谢谢
晨曦遇晓
发表于 2018-12-5 17:49:51
raccoon 我没试过，好像不能。不过在PyRx 里也可以，好像是右键有一个made Macromolecular 的选项，直接就可以处理蛋白，不过个人建议还是在ADT里处理，反正就一个大分子，也花不了太多时间，不容易出错。
晨曦遇晓
发表于 2018-12-5 17:50:08
autodock 的页面上就有！挺好找的，或者你google autodock raccon 就行！
神宇
发表于 2018-12-5 17:50:13
raccoon其实就是调用了autogrid以及autodock。只不过处理起来更加方便，因为会自己根据配体的原子类型去生成对应的dpf文件，所以比较适合多个配体与蛋白的对接。另外可以生成一个总的运行文件，不用一条条代码的去运行。raccoon可以生成蛋白的pdbqt文件，但是不能可视化，确定不了gridbox，所以adt还是必不可少的。
晨曦遇晓
发表于 2018-12-5 17:50:51
:handshake