背不动 发表于 2018-12-6 16:47:59

vmd中如何根据dump文件计算的数字（CNA）为原子指定颜色？

vmd中如何根据dump文件计算的数字为原子指定颜色？
其实我是用lammps计算了CNA，可以看出每个原子分别处在什么什么晶体结构中（局部的晶体结构）。cna为1，表示fcc，2为hcp等等。
dump文件有id type x y z c_cna。
希望根据cna对原子进行颜色标记。

阳光晒干泪水 发表于 2018-12-6 16:48:12

可以将cna用不同原子type来表示

背不动 发表于 2018-12-6 16:48:17

你的意思是说把type的那一列数据换成cna吗？在dump里输出id cna x y z。然后在输出文件中得把cna改成type，让vmd读取。

阳光晒干泪水 发表于 2018-12-6 16:48:31

是的      

阳光晒干泪水 发表于 2018-12-6 16:50:20

最好将不同cna，按照不同元素type来表示，例如C,H,O,

背不动 发表于 2018-12-6 16:50:56

假如3种元素，4个cna的值，我自己重新编号，最多要用12种颜色表示了

背不动 发表于 2018-12-6 16:51:12

好像要编程处理文本，请问在lammps可以直接实现输出吗？
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