如何建立水分子模型
水知道怎么建立水分子模型啊?得到坐标也行,用MS可以么?有什么好的办法gromacs里有genbox的命令,用于往盒子里添加水分子,不过之前你要用pdb2gmx指定水模型,再用editconf建立盒子才行. 你用什么软件做什么模拟?光这样说哪知道呢? 用MS怎么建模呢 谢谢楼上的朋友 指点一下 Materials Studio 可以建模,用Amorphous Cell Tools模块里的Construction选项可以建模,先建一个水分子,即一个氧接两个氢,(建立一个新的模型,用sketch Atom按钮在模型上构建分子)然后添加这个分子,修改添加的分子个数,选择边界条件、分子力场,给定密度,然后点击Construct 就可以建一个水分子cell了 大哥,我想问一下,我上去两个星期用AC模块建了两三个周期性水盒子,我是想把我做的一个体系放在水盒子里面做discover动力学模拟,但是一粘贴体系,就提示溢出,把水盒子拷贝出来,再往里放体系也是提示溢出。还有把水盒子单独做discover动力学模拟也提示失败
不是到你能给点拨一下吗 :L:L:L:L:L
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