黑发尤物 发表于 2019-1-3 17:18:14

如何将自己的氨基酸序列转换获得.pdb格式文件

小弟最近需要进行蛋白三级结构的模拟建模，使用的软件是pymol、rasmol，但是这两个软件都是识别.pdb格式的蛋白序列文档，有没有大神教教我如何将自己手头上的氨基酸序列（.fasta）转换成可以被建模软件识别的.pdb格式，谢谢
注：1.本人手头上的序列在PDB，ncbi等数据库比对后未找到已有的数据；
       2.尝试了使用OpenBABEL进行转换，不知道是哪里没有设置好转换出来的用pymol、rasmol读取后都是直线型，下了一个GFP的.fasta和.pdb作为对照，转换
          后也是直线型与直接下的.pdb不一致。

若如初见 发表于 2019-1-3 17:18:29


swiss model，同源建模，把你氨基酸序列输入，结果中可以现在pdb文件的蛋白结构文件

黑发尤物 发表于 2019-1-3 17:18:34

试过，但是建不出来，似乎找不到同源的

彼岸髅灵 发表于 2019-1-3 17:19:01

没有结构只能同源建模，swissmodel或者modeller

若如初见 发表于 2019-1-3 17:19:09

:L:L:L:L:L:L

黑发尤物 发表于 2019-1-3 17:19:25

:handshake
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