LAMMPS分子动力学技术与应用”及vaspd线上+线下实战培训的.....
为全力做好教育系统新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作，确保广大师生的身体健康和生命安全，根据中央有关精神以及教育部《关于2020年春季学期延期开学的通知》，各级教育主管部门也纷纷提出将通过开展网络教学，确保“停课不停教、不停学”。应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究院特举办““LAMMPS分子动力学技术与应用”线上+线下实战培训，本次培训由互动派（北京）教育科技有限公司具体承办，通过本次培训，能够了解LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？以及如何从简单的例子开始学起，做出能够发表的结果，具体事宜通知如下：“第一性原理计算方法及应用”线上+线下实战培训班课程内容一、VASP基本原理及计算准备（基础篇）课程1 VASP原理及Linux入门基本介绍1.1密度泛函理论和VASP基本原理简介1.2 Xshell远程登陆服务器的操作技术1.3 Linux下常用命令(包含bash编程基础)1.4 Linux下常用编译器安装方法课程2 Linux常用命令与VASP输入出输出文件介绍2.1 Linux常用命令(文本查找，批量提交任务，grep/sed/awk等)2.2 VASP输入输出文件介绍(INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTCAR，OUTCAR等)2.3与VASP相关搭配常用辅助软件介绍课程3 VASP编译安装及结构建模介绍3.1VASP编译安装（vaspkit安装，qvasp安装及其它常用工具）3.2 利用Materials Studio软件或者数据库建立乙醇分子模型和Si模型3.3纳米管搭建技巧，界面模型搭建技巧：晶格匹配3.4 通用手绘计算模型技巧（专题）
二、VASP相关参数置技巧及参数收敛性测试（升阶篇）课程4 VASP输入参数设置技巧4.1 INCAR参数的设置（ENCUT,ISIF, EDIFF, EDIFFG, HSE06, LDA+U，VDW等）4.2 K点的设置方案(Mesh, Line-Mode以及Rec直接标注权重)4.3赝势的选择及快速生成方法课程5 VASP结构优化5.1 晶体结构的优化设置：通过实例Pt晶体优化来了解VASP的参数设置5.2 设置参数的最简易方法，以及归类、总结和技巧5.3 自洽、非自洽、电荷密度文件、波函数文件、总能的相关解释及用途。课程6 VASP收敛性测试6.1测试脚本的编写及介绍（测试的目的，意义）6.2 截断能收敛性测试6.3 K点收敛性测试6.4 其他收敛性测试（表面层数，sigma等）
三、稳定性、电子结构、光学性质、缺陷性质（实战篇：材料计算专题） 课程7 VASP材料理化性质计算及结果分析7.1 材料的稳定性计算7.1.1 热力学稳定性7.1.1.1 相稳定性7.1.1.2 最优分解路径7.1.2 动力学稳定性7.1.2.1 0K声子谱7.1.2.2 有限温度声子谱7.2 材料的电子结构计算7.2.1 能带基础知识介绍7.2.2 CsPbI3能带计算(PBE和HSE)与分析7.2.3 CsPbI3态密度计算与分析7.2.4 电子有效质量计算7.2.5 电荷密度与部分电荷密度7.3 VASP光学性质计算7.3.1 CsPbI3的介电常数实部和虚部7.3.2 CsPbI3的光吸收系数7.3.3 CsPbI3的联合态密度和跃迁矩阵元7.3.4 CsPbI3的跃迁允许和跃迁禁阻分析 7.4 VASP本征缺陷计算7.4.1 CsPbI3的相图7.4.2 缺陷的转变能级7.4.3 缺陷的形成能7.5 特殊体系的设置方案 7.4.1 HSE06杂化泛函的设置方法 7.4.2 强关联体系的设置方法（LDA+U） 7.4.3 GW0参数的设置7.6 实例解析：Cs2AgInCl6和Cs2InBiCl6的热稳定性和光吸收性质分析
四、吸附、过渡态以及电荷分析（实战篇：催化反应专题）课程8 VASP表面催化反应计算及结果分析8.1 固体表面具有催化活性的本质原因解析8.2 基元反应和复杂反应在固体表面催化反应研究中的关系8.3 VASP表面吸附CO吸附在Pt表面计算（吸附能模型和吸附能）8.4 VASP电荷分析8.4.1 电荷拆分8.4.2 Bader电荷计算与结果处理8.4.3 ELF计算与结果处理8.5 VASP过渡态搜索8.51 插点和过渡态搜索8.52 频率分析及零点能矫正方案8.53 消虚频的方法8.6 实例解析：Pd(111)表面用H2催化消除NO的第一性原理研究
培训课表：“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”专题线上+线下实战培训
课程内 容
一、LAMMPS基础1分子动力学模拟入门理论——掌握lammps的in文件中各命令的意义1.1系综理论1.2主要算法介绍1.3积分步长的选取1.4温度和压力控制1.5周期性边界条件1.6分子动力学模拟流程
二、LAMMPS入门学习2LAMMPS入门操作基础2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法，针对自己体系编译可执行文件。2.4 LAMMPS的in文件结构格式、基本语法及常用命令讲解、data文件格式。2.5 LAMMPS实例讲解。:实例操作：在linux系统编译安装自己的LAMMPS可执行程序。
三、LAMMPS进阶学习3. LAMMPS各种参数计算3.1 颗粒模拟3.2 可视化快照3.3 弹性常数模拟3.4 计算热导率3.5 计算粘度3.6 计算均方位移3.7 计算径向分布函数3.8 计算扩散系数3.9 计算能量数据3.10 Lammps常见错误及解决途径:实例操作：学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子
四、Lammps的建模4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程4.1掌握lattice命令建立晶体模型4.2 Packmol建模语法学习及实操4.3 Material Studio建模学习及实操 4.4VMD建模学习及实操:实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件
五、从examples的简单例子，到完成自己的科研课题5 通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义5.1运行examples\flow 到建立水分子在石墨烯片层(碳纳米管)内的流动模拟5.2运行examples\shear 到石墨烯力学性质模拟5.3运行examples\friction 到金属/合金的摩擦模拟5.4特殊结构的模拟建模（C60系列模型）:实例操作：学员探索由简单例子到自己科研课题的模拟过程
六、环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力场)6 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响 模拟过程6.1 创建构型文件6.2 建立输入脚本6.3 运行能量最小化及体系的预松弛6.4 压缩盒子达到指定的密度（针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据）6.5模拟步骤：包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。6.6. 查看动态轨迹和特殊帧的图片显示(采用VMD软件做出漂亮的图片和视频，学会用tcl脚本控制输出)6.7 数据分析（origin软件的使用）6.7.1 MSD分析6.7.2 计算RDF6.7.3 计算密度分布
七、LAMMPS高级研修，自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型7 LAMMPS分子力场文件创建及MOFs材料建模7.1介绍固体材料单晶包试验数据结构，掌握基本的材料几何特征7.2利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型7.3分子作用势能函数，编写MS软件中的力场参数文件（off文件）7.4巨正则系综Monte Carlo方法7.5利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料7.6编写LAMMPS力场文件（frc文件），并通过lammps程序生成data文件7.7运行能量最小化及体系的预松弛7.8模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。:实例操作：金属有机框架（MOFs）储氢和碳捕集模拟
八、分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟（模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359）
8 研究H2/CO2在ZIF-7膜材料中分离性能模拟文献Science 346 (6215),1356-1359的分离过程 8.1利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包8.2设计H2/CO2与ZIF-7体系模型，模拟文献“Science346(6215),1356-1359”的实验过程8.3自定义分子力场文件（frc文件），并通过lammps程序生成data文件8.4运行能量最小化及体系的预松弛8.5模拟步骤：包括能量最小化-NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质8.6采用VMD查看动态轨迹8.7数据分析，计算RDF，MSD，密度分布，选择性等:实例操作：包括在VMD中查看可视化的动态轨迹，计算密度分布，分子的MSD等，抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析
九、辅助课程1.其他相关软件的功能介绍，如 GROMACS、VASP、NAMD、MS 等 2.建立微信群 QQ 群，建立长期技术问题答疑平台
本次课程共计5天，采用“3+2”教学体系，2天在线教学及3天线下实训；内容从基础到实战共分为四个模块：一是VASP基本原理及计算准备；二是参数相关设置技巧及参数收敛性测试；三是材料计算实战应用专题；四是关于催化反应计算实战应用专题。分别为模拟入门、进阶提升的学员所准备；
2、小班授课，对知识进行由浅入深，层层递进，系统讲解，配合案例解析边讲边练，让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作；在线学习后对学员提炼出的问题提供专业指导，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研需求
vasp
时间地点： 2020年5月30日-31日 在线直播（授课2天）
2020年6月11日-14日 线下培训（第一天报道、授课3天）
lammps
时间地点：
2020年5月23日——5月24日在线直播（授课2天）
2020年6月4日——6月7日 线下培训（第一天报到、授课3天）
咨询电话：18600921351（微信同号） 联 系 人: 赵老师
报名邮箱：zhaolaoshi33344@163.com 报名QQ: 321254790
每人￥3300元（含报名费、培训费、资料费、证书费）5月9日之前汇款优惠400（名额有限），费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件；如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函；
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