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我是用MS生成水分子构型,然后在LAMMPS里算的。两天之后,试用期一到,我就只有Visualizer了,到时候就没有Amorphous Cell这个模块。所以我用build crystal建了一个简单立方,然后在立方的顶点上放水分子,然后再用symmetry里面的supercell进行复制。这样完全是个固体的生成过程,而且还不是冰的正六边形。但是我想,虽然系统的初始状态很不合理,但是通过MD模拟中的平衡过程,让系统达到平衡态,也能得到水的构型吧。请问这样合理吗?
趁我现在还有这个模块,再请问一下用Amorphous Cell如何确定生成的水分子构型的范围呢?而且可以直接输入水分子数目吗?还是只能点add,一次加一个?我要建立一个1800个水分子的系统,如何做呢? |
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