我想用gromacs跑一个多条肽链的体系，但每次用-ter进行封端，对N段选择COOH，对C端选择NH2，但这样的话，跑着跑着他们都连接起来成了一条肽链了。。。我想用其他基团，比如甲氧羰基什么的，对N端进行封端，就不会让它们跑着跑着都链接起来。。请问如何操作呢？
听说好像用pymol可以，但我不会操作。。。请各位大神帮忙解决

还是我自己来吧》。。。。难不成是我问的问题都太弱智了。。。各位大神都不屑回答么。。