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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子对接

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分子对接

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新窗

招聘版主，希望大神积极参加！

极客学术

2018-12-17

附件置顶

为了更好促进求职招聘版的发展，招聘各版版主，有意者请积极参加，随时联系我。[/backcolor]基本要求：[/backcolor] [/backcolor]1.及时回复版内新人咨询，有相对丰富的求职经验（kanke），热心助人；[/backcolor] [ ...查看全文

3604 1 0 0 版主招聘，申请及离职
发帖奖励标准

极客学术

2018-12-19

置顶

帖子评分奖励和惩罚标准该标准适用于论坛各个版块（各区的区务版块不包括在内），个别区由于特殊原因会有所不同，在贴后会有说明。该标准只规定了奖罚的上下限，希望各位版主公平公正的评分。奖励标准中所提及的精 ...查看全文

3338 0 0 0 版主招聘，申请及离职
极客学术积分规则

极客学术

2018-12-18

置顶

论坛总积分计算方程式：发帖数 * 0.5 + 威望 + 贡献 + 精华帖数 + 在线时间(小时) *.03 + 好友数 1.每天登录将获得2点极客币和5积分的增长。 2.参与论坛投票获得极客币1点同时总积分加1（此项每天只能获得10点） ...查看全文

3077 0 0 0 版主招聘，申请及离职
autodock/vina/PyRx

晨曦遇晓

2018-12-5

新窗

之前一直在看别人发的帖子，赶脚自己也应该发一个。我是今年5月份才开始接触分子对接的，可以说是从零开始。期间用过DS，Sybyl，最近又开始接触MOE，autodock，vina以及PyRx。由于AUTODOCK是所有文献中引用次数最多 ...查看全文

3572 15 0 0 分子对接
Win版本LeDock运行出错的微软官方补丁

愛上自己的影子

2018-12-5

新窗

有些用户反应运行Win版本的LeDock出现以下运行错误： This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way. Please contact the application's support team for more information. ...查看全文

1062 6 0 0 分子对接
autodock vina 受体蛋白中含金属Mo报错

过客谁是谁

2018-12-5

新窗

Parse error on line 12281 i file "1n5x1.pdbqt":ATOM syntax incorrect:"Mo" is not a valid Autodock type.Note that AutoDock atom types are case-sensitive. 使用vina做虚拟筛选，受体是1n5x,它的活性中心含金 ...查看全文

1177 9 0 0 分子对接
如何在pymol分离叠在一起的小分子

封神

2018-12-5

新窗

想在AUTODOCK 进行蛋白与小分子对接，但是在pymol分离小分子的时候发现pdb中的小分子是两个一样的小分子但是叠加在一起的，请问怎么只取出来一个呢？ ...查看全文

1527 5 0 0 分子对接
GOLD

蔷薇的眼泪

2018-12-5

新窗

求GOLD对接软件的免费试用网址

1543 4 0 0 分子对接
sdf文件与mol2文件之间可以相互转换吗

烟花易冷

2018-12-4

新窗

我是初学者，请问sdf文件与mol2文件之间可以相互转换吗？用什么软件或者方法可以相互转换？谢谢各位高手查看全文

907 3 0 0 分子对接
autodock时没运行成功也没提示任何错误？

旧人不归

2018-12-4

新窗

autodock时没显示successful completion 也没提示任何错误，对话框一直都在运行中，都运行一晚上了。。。。但是产生的.dlg文件没有10个构像，这是怎么回事？求指教，谢谢啦 ...查看全文

1087 3 0 0 分子对接
怎么查找国内作药用植物或天然产物的人员有哪些呢

黑毛茎长

2018-12-4

新窗

如题，老板让收集国内做药用植物或天然产物的人员目录，一时不知如何下手，还请高手指点一二，先谢谢了！！[/backcolor]查看全文

1187 6 0 0 分子对接
求推荐分子模拟对接的学习材料

他是命却似梦

2018-12-4

新窗

开始着手做分子对接相关方面的实验有一段时间了，但大多是自己捣鼓，也不是很高级的操作。看文献的时候碰到一些专业术语要费好大的劲儿才能弄明白，大家很多都比我开始的早，也更专业，能否推荐一些计算机模拟方面的 ...查看全文

834 3 0 0 分子对接
蛋白质为核磁共振（NMR）解析，能否对接？

非洲小白脸

2018-12-4

新窗

如题，请问蛋白质为核磁共振（NMR）解析，能否对接？

1057 3 0 0 分子对接
不同电脑对autodock结果是否有影响?

凉城温酒

2018-12-4

新窗

autodock在不同电脑上做同一个模拟结合,结果会不会不致? 或者这样问,同样的模拟条件,不同的电脑,除了运算时间不同外,对实验结果本身有影响吗?查看全文

856 3 0 0 分子对接
水分子要不要设置成柔性残基？

情感通缉犯

2018-12-4

新窗

我的配体和受体结合的时候，可以同时和一个水分子结合，在用autodock4做模拟结合的时候，要把这个水分子也设置为柔性残基吗？查看全文

873 3 0 0 分子对接
求大神autodock 4.2.6在64位win7系统下详细的安装和运行方法

薄荷味的猫

2018-12-4

新窗

如题，小白一个，课题需要，想尝试用autodock进行相关的模拟研究，电脑白痴一个，所以想请教论坛的大神帮忙解答一下第一步的安装问题，真心感谢！祝好人一生平安~[/backcolor] 问题1：autodock和autogrid下载后双击 ...查看全文

870 3 0 0 分子对接
请问大家如何分析Autodock结果

云卷云舒

2018-12-4

新窗

得到的对接的结果，不晓得要怎么分析，RMSD怎么看啊？得到的构象是一个分子的多个构象吗？查看全文

934 4 0 0 分子对接
有没有模拟金属配合物与蛋白之间相互作用的啊

浅眠未安

2018-12-4

新窗

我有几个过渡金属配合物想模拟下与蛋白和DNA之间的相互啊作用，自学了几天可是真心无力回天啊！跪求好心人！！急！查看全文

877 3 0 0 分子对接
求教AutoDock中默认原子力场参数

因帅入狱

2018-12-4

新窗

请问各位大神们，AutoDock中默认的原子力场参数的意义是什么，新增的原子力场参数是按照什么计算出来的？查看全文

858 3 0 0 分子对接
AUTODOCK软件下载

突击风暴

2018-12-4

新窗

求分子对接AUTODOCK软件包！！！

1061 3 0 0 分子对接
Lodock结果如何分析

怒默语晨

2018-12-4

新窗

因为初次使用LeDock，感觉教程写的很好，唯一遗憾是得到的结果不知道怎么操作. 请问对接后生成的结果能不能看到配体和受体的作用位点，能否看到氢键，能否得到和Autodock类似的图呢？如果能，具体怎么操作，能不能普 ...查看全文

1142 3 0 0 分子对接
ADT4中扪autogrid出现如下错误，什么原因，如何解决，求高...

假面绅士

2018-12-4

新窗

ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "E:\Mgltools\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **k ...查看全文

1042 3 0 0 分子对接
autodock对接处理

笑多了会怀孕

2018-12-4

新窗

新人求赐教：请问autodock对接时会删水加氢，原因是什么呢？？不删水的话可以么，对结果有影响么？查看全文

1129 4 0 0 分子对接

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