极客学术 -

极客首页
快捷导航
手机客户端

求知爱好者必备神器

极客问答客户端

Android版 iPhone版
更多
设为首页收藏本站

极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子对接

RSS订阅

分子对接

+发表话题

加关注

新窗

招聘版主，希望大神积极参加！

极客学术

2018-12-17

附件置顶

为了更好促进求职招聘版的发展，招聘各版版主，有意者请积极参加，随时联系我。[/backcolor]基本要求：[/backcolor] [/backcolor]1.及时回复版内新人咨询，有相对丰富的求职经验（kanke），热心助人；[/backcolor] [ ...查看全文

3604 1 0 0 版主招聘，申请及离职
极客学术积分规则

极客学术

2018-12-18

置顶

论坛总积分计算方程式：发帖数 * 0.5 + 威望 + 贡献 + 精华帖数 + 在线时间(小时) *.03 + 好友数 1.每天登录将获得2点极客币和5积分的增长。 2.参与论坛投票获得极客币1点同时总积分加1（此项每天只能获得10点） ...查看全文

3077 0 0 0 版主招聘，申请及离职
发帖奖励标准

极客学术

2018-12-19

置顶

帖子评分奖励和惩罚标准该标准适用于论坛各个版块（各区的区务版块不包括在内），个别区由于特殊原因会有所不同，在贴后会有说明。该标准只规定了奖罚的上下限，希望各位版主公平公正的评分。奖励标准中所提及的精 ...查看全文

3338 0 0 0 版主招聘，申请及离职
autodock/vina/PyRx

晨曦遇晓

2018-12-5

新窗

之前一直在看别人发的帖子，赶脚自己也应该发一个。我是今年5月份才开始接触分子对接的，可以说是从零开始。期间用过DS，Sybyl，最近又开始接触MOE，autodock，vina以及PyRx。由于AUTODOCK是所有文献中引用次数最多 ...查看全文

3572 15 0 0 分子对接
autodock vina 受体蛋白中含金属Mo报错

过客谁是谁

2018-12-5

新窗

Parse error on line 12281 i file "1n5x1.pdbqt":ATOM syntax incorrect:"Mo" is not a valid Autodock type.Note that AutoDock atom types are case-sensitive. 使用vina做虚拟筛选，受体是1n5x,它的活性中心含金 ...查看全文

1177 9 0 0 分子对接
pyrx软件怎么设置坐标？

性感的猪

2018-12-5

新窗

想咨询一下，使用pyrx软件进行对接，怎么设置对接的坐标，有x/y/z坐标数值，拖动方盒很麻烦，很难设置到你想要的坐标，请问有什么别的方法吗？多谢了！[/backcolor] ...查看全文

966 9 0 0 分子对接
怎么查找国内作药用植物或天然产物的人员有哪些呢

黑毛茎长

2018-12-4

新窗

如题，老板让收集国内做药用植物或天然产物的人员目录，一时不知如何下手，还请高手指点一二，先谢谢了！！[/backcolor]查看全文

1187 6 0 0 分子对接
Win版本LeDock运行出错的微软官方补丁

愛上自己的影子

2018-12-5

新窗

有些用户反应运行Win版本的LeDock出现以下运行错误： This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way. Please contact the application's support team for more information. ...查看全文

1062 6 0 0 分子对接
vina 虚拟筛选log文件的分析的脚本

望誰回眸

2018-12-5

新窗

由于附件中不能上传pl文件，你把后缀的doc去掉。脚本中已经包含了使用方法，vina筛选不明白的地方可以联系我。查看全文

920 6 0 0 分子对接
autodock最后run的时候出错误

香雪醉清风

2018-12-5

新窗

我在运行 run autodock时，会出错误。提示是：too few values read in check grid map'a' 还有error:error in readmap 另外生成的文件也特别小。求问什么原因呀谢谢 ...查看全文

1462 6 0 0 分子对接
sphgen 怎么下载啊

纠缠纠葛

2018-12-5

新窗

请问一下，我看了2012 DOCK tutorial with Streptavidin 的教程。里面有一个sphgen 的软件，但是我在网上搜索了半天也没找到下载的地方，每一个都是提一下需要用这个软件。能告诉一下到底是一个什么软件么，在哪儿能 ...查看全文

1095 5 0 0 分子对接
求autodock vina Win7 32bit安装软件！跪谢！

怀念你的爱

2018-12-5

新窗

各位大侠小博是坛子里的新手求autodock vina Win7 32位安装软件和使用教程跪谢跪谢！！！！！！！！查看全文

966 5 0 0 分子对接
急急急急急！docking的问题

都是带着浅笑的

2018-12-5

新窗

docking的时候选择受体但不开，点了没反应，求解答

916 5 0 0 分子对接
有没有人会GOLD的共价对接啊~

魂不附体的妞

2018-12-5

新窗

求助：[/backcolor] 现在正在做gold的共价对接，做的效果不是特别的好，请问各位大侠们，有没有gold共价对接的教程之类的~[/backcolor] 谢谢了！[/backcolor] ...查看全文

877 5 0 0 分子对接
autodock对接血红蛋白与氧气分子

独傲春秋

2018-12-5

新窗

尝试对接了4次，但都失败了，氧气并没有接上血红素，而且Fe周围的3个键全部断了在保存pdbqt文件时系统提示4个FE no charge 论坛里是说要在AD4.1_bound.dat中加入金属离子参数所以求助一下，加金属离子参数应该怎么 ...查看全文

1044 5 0 0 分子对接
如何模拟蛋白的氨基酸化学修饰

流水若风

2018-12-5

新窗

需要模拟蛋白表面的羧基氨基酸被氨基化合物共价修饰，需要用什么软件？谢谢大家！！

1436 5 0 0 分子对接
autodock运行run autogrid时，没有报错，没生成map文件，新手求助

不可一世

2018-12-5

新窗

1472 5 0 0 分子对接
如何在pymol分离叠在一起的小分子

封神

2018-12-5

新窗

想在AUTODOCK 进行蛋白与小分子对接，但是在pymol分离小分子的时候发现pdb中的小分子是两个一样的小分子但是叠加在一起的，请问怎么只取出来一个呢？ ...查看全文

1527 5 0 0 分子对接
AutoDock中如何添加atom type

爺们狠有范

2018-12-4

新窗

在AutoDock中如何添加atom type。求详细过程，脚本编辑方法。[/backcolor]

866 4 0 0 分子对接
请问大家如何分析Autodock结果

云卷云舒

2018-12-4

新窗

得到的对接的结果，不晓得要怎么分析，RMSD怎么看啊？得到的构象是一个分子的多个构象吗？查看全文

934 4 0 0 分子对接
autodock对接处理

笑多了会怀孕

2018-12-4

新窗

新人求赐教：请问autodock对接时会删水加氢，原因是什么呢？？不删水的话可以么，对结果有影响么？查看全文

1129 4 0 0 分子对接
新手求大神指导两个问题

问君何时娶

2018-12-5

新窗

1、Grid →Grid Box… 打开Grid Options对话框，将格子的大小设置为X， Y， Z： 40， 40， 40，我看了两个教程，这个格子大小的设置都不一样，也没说为什么设这么大，这是什么意思？[/backcolor] 2、然后将格子中心 ...查看全文

996 4 0 0 分子对接
询问vina的安装问题，请赐教，谢谢！！

倚楼醉听曲

2018-12-5

新窗

如题，我的vina安装路径为：C:\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina 可是为啥Vina.exe就是打不开呢，然后又看到网上说设置环境变量，我也照着设置了，可是还是打不开，是不是环境变量设置错误了，还 ...查看全文

973 4 0 0 分子对接

12 3 4 5 6 7 8 / 8 页下一页

Archiver|手机版|小黑屋|极客学术 |京ICP备16066145-3号

Powered by Discuz! X3.3 © 2014-2020 Comsenz Inc.

返回版块