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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子对接

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分子对接

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新窗

招聘版主，希望大神积极参加！

极客学术

2018-12-17

附件置顶

为了更好促进求职招聘版的发展，招聘各版版主，有意者请积极参加，随时联系我。[/backcolor]基本要求：[/backcolor] [/backcolor]1.及时回复版内新人咨询，有相对丰富的求职经验（kanke），热心助人；[/backcolor] [ ...查看全文

3604 1 0 0 版主招聘，申请及离职
发帖奖励标准

极客学术

2018-12-19

置顶

帖子评分奖励和惩罚标准该标准适用于论坛各个版块（各区的区务版块不包括在内），个别区由于特殊原因会有所不同，在贴后会有说明。该标准只规定了奖罚的上下限，希望各位版主公平公正的评分。奖励标准中所提及的精 ...查看全文

3338 0 0 0 版主招聘，申请及离职
极客学术积分规则

极客学术

2018-12-18

置顶

论坛总积分计算方程式：发帖数 * 0.5 + 威望 + 贡献 + 精华帖数 + 在线时间(小时) *.03 + 好友数 1.每天登录将获得2点极客币和5积分的增长。 2.参与论坛投票获得极客币1点同时总积分加1（此项每天只能获得10点） ...查看全文

3077 0 0 0 版主招聘，申请及离职
急急急！cdocker相关问题请教

江雪舞

2018-12-5

新窗

请教各位大神，[/backcolor] CDOCKER的两个结果评价函数，一个是CDOCKER energy，另一个是CDOCKER interaction energy，如果不借助其他评价方法的话，这两个函数一般用哪一个表示呢？具体是越大越好吗？[/backcolor] ...查看全文

3975 4 0 0 分子对接
autodock/vina/PyRx

晨曦遇晓

2018-12-5

新窗

之前一直在看别人发的帖子，赶脚自己也应该发一个。我是今年5月份才开始接触分子对接的，可以说是从零开始。期间用过DS，Sybyl，最近又开始接触MOE，autodock，vina以及PyRx。由于AUTODOCK是所有文献中引用次数最多 ...查看全文

3572 15 0 0 分子对接
分子对接，在pymol中形成pdb复合物后，查看相互作用力问题（氢键

疯不觉

2020-5-13

新窗

使用Autodock vina做完对接后，导入pymol软件查看配体与蛋白的氢键作用，按照教程说的find-polar contacts-to other atoms in objects,却没有显示除氢键。但是直接导入原配体蛋白又可以显示氢键关系，请问有人知道如 ...查看全文

2135 1 0 0 分子对接
AUTODOCK一打开就Python Shell报错

雪鸾莎

2018-12-5

新窗

各位大侠啊，我在电脑里安装了AUDOTOCK后，一打开运行就会在Python Shell窗口里有报错信息，这是什么问题呢？我用的是Mac电脑，会跟这个有关吗？多谢多谢！！ ...查看全文

1924 3 0 0 分子对接
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol' 问题详解

要疼你一辈子

2018-12-5

新窗

写在前面：该问题目前并没有解决。最近使用autodock进行对接，过程中出现两个错误： 1，运行autogrid4时直接报的error2，这是因为进行autogrid时候没有指定autogrid4.exe的路径，指定绝对路径后，运行，没有问题 ...查看全文

1633 0 0 0 分子对接
Dock活性位点不确定的对接

貪戀妳的溫柔

2018-12-4

新窗

在蛋白质与抑制剂对接时，从文献中得知结合部位的大致位置（某几个氨基酸附近），在对接时用最大簇，对接后的位置与文献中的位置不一样，是不是要换其他簇？还有就是之前可以用RMSD来衡量对接部位的好坏，这里没有 ...查看全文

1619 1 0 0 分子对接
autodock用蛋白的原配体对接蛋白，发现得分不高是怎么回事。

云游四海

2018-12-5

新窗

在rcsb蛋白数据库下的蛋白，把原配体抠掉，重新用原配体去对接，发现得分不高，是怎么回事，对接能只有-7.9。求助。！！！@川太狼查看全文

1578 4 0 0 分子对接
GOLD

蔷薇的眼泪

2018-12-5

新窗

求GOLD对接软件的免费试用网址

1543 4 0 0 分子对接
如何在pymol分离叠在一起的小分子

封神

2018-12-5

新窗

想在AUTODOCK 进行蛋白与小分子对接，但是在pymol分离小分子的时候发现pdb中的小分子是两个一样的小分子但是叠加在一起的，请问怎么只取出来一个呢？ ...查看全文

1527 5 0 0 分子对接
autodock运行run autogrid时，没有报错，没生成map文件，新手求助

不可一世

2018-12-5

新窗

1472 5 0 0 分子对接
autodock最后run的时候出错误

香雪醉清风

2018-12-5

新窗

我在运行 run autodock时，会出错误。提示是：too few values read in check grid map'a' 还有error:error in readmap 另外生成的文件也特别小。求问什么原因呀谢谢 ...查看全文

1462 6 0 0 分子对接
新手学习学习

苏雪痕

2018-12-5

新窗

对于一个刚接触这个领域的，好多专有名词并不懂，希望版主能出一个帖子，以案例为例，每一步和我们讲解这么做的目的是什么。小弟在这里先感谢了，工作量会比较大吧，辛苦了版主，感谢。[/backcolor] ...查看全文

1460 2 0 0 分子对接
RMSD值怎么算？

瞬杀

2018-12-5

新窗

从蛋白质晶体分别提取出蛋白质和配体，用autodock对接，然后对接结果的最优构象保存成pdb格式，用chimera提取配体构象，然后怎么和原有蛋白质晶体的配体构象进行对比，计算RMSD值？听说VMD可以计算，但是不会用TUT ...查看全文

1450 3 0 0 分子对接
如何模拟蛋白的氨基酸化学修饰

流水若风

2018-12-5

新窗

需要模拟蛋白表面的羧基氨基酸被氨基化合物共价修饰，需要用什么软件？谢谢大家！！

1436 5 0 0 分子对接
请教如何给蛋白添加溶剂化场

血舞

2018-12-5

新窗

请教如何给蛋白添加溶剂化场，不知道如何操作？[/backcolor]

1404 0 0 0 分子对接
autodock在 win10运行怎么样

俏皮小妞

2018-12-5

新窗

大家有没有在win10下运行过autodock啊，我之前在win7能顺利运行，现在升级系统了，运行始终不能正常进行，谢谢！[/backcolor]查看全文

1402 3 0 0 分子对接
运行autogrid之前，logfilename 文件（glg）为何没有生成

啸珉

2018-12-5

新窗

网上也找了一些类似的情况，但还是没有解决问题，如果是目录设置的问题的话那么，具体如何操作呢？谢谢。还有nice level 也没有生成这项具体是用来干什么的。 ...查看全文

1396 2 0 0 分子对接
求助help

静待她回来

2018-12-5

新窗

最近服务器上用薛定谔跑虚筛不能多核并行了，也不知道是什么原因有没有大神遇到过类似情况？我想在自己电脑上（4核）用specs库（21万左右个化合物）跑虚筛，不知道需要多长时间？请前辈们指点 ...查看全文

1396 3 0 0 分子对接
怎样用Autodock 计算对接前后同一个分子的RMSD值

神宇

2018-12-5

新窗

蛋白是复合物，提取天然配体后用AutoDock对接，产生一系列构象，选取其中一个我认为最优的构象，想计算对接前与后这个配体分子的RMSD值，验证对接方法的可靠性。请问用AutoDock如何实现？[/backcolor] ...查看全文

1384 0 0 0 分子对接
求LINUX版的Schrödinger，最好是17版或18版

小楼夜听雨

2018-12-5

新窗

谁有LINUX版的Schrödinger 的分享一下，原来有人分享过17各种版本，只有LINUX版没下，学校最近刚买的服务器，需要LINUX版的。多谢！[/backcolor]查看全文

1375 2 0 0 分子对接

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