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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子对接

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分子对接

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新窗

求LINUX版的Schrödinger，最好是17版或18版

小楼夜听雨

2018-12-5

新窗

谁有LINUX版的Schrödinger 的分享一下，原来有人分享过17各种版本，只有LINUX版没下，学校最近刚买的服务器，需要LINUX版的。多谢！[/backcolor]查看全文

1375 2 0 0 分子对接
MGLTools 转换pdb文件报错

侧耳倾听

2018-12-5

新窗

用MGLTools 中的prepare_ligand4.py处理ligand pdb文件时，总是报错“no Gasteiger parameters available”,你们有没有遇到过这种问题呢？求助解决方案，谢谢查看全文

1316 3 0 0 分子对接
autodock在处理配体 detect root时报错

落叶凡尘

2018-12-5

新窗

报错内容如下，求具体原因，似乎时键长出问题了，小分子是用chemdraw画的 Traceback (most recent call last): File "D:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898 ...查看全文

1170 3 0 0 分子对接
pyrx软件怎么设置坐标？

性感的猪

2018-12-5

新窗

想咨询一下，使用pyrx软件进行对接，怎么设置对接的坐标，有x/y/z坐标数值，拖动方盒很麻烦，很难设置到你想要的坐标，请问有什么别的方法吗？多谢了！[/backcolor] ...查看全文

966 9 0 0 分子对接
求助！添加原子信息的AD4_parameters.dat 文件在哪里找呢

秋夜寒暄

2018-12-5

新窗

添加原子信息的AD4_parameters.dat 文件在哪找呢？各种都找不到，希望大神指点~

943 3 0 0 分子对接
zdock

纪念相遇

2018-12-5

新窗

有谁用过zdock吗？

904 0 0 0 分子对接
AUTODOCK结果分析

笑苍穹

2018-12-5

新窗

已经利用autodock对接完成了，可是怎么查看相互作用的细节呢?能够利用PYMOL查看吗？求教程[/backcolor]查看全文

1241 2 0 0 分子对接
autodock对接血红蛋白与氧气分子

独傲春秋

2018-12-5

新窗

尝试对接了4次，但都失败了，氧气并没有接上血红素，而且Fe周围的3个键全部断了在保存pdbqt文件时系统提示4个FE no charge 论坛里是说要在AD4.1_bound.dat中加入金属离子参数所以求助一下，加金属离子参数应该怎么 ...查看全文

1044 5 0 0 分子对接
autodock对接成功后，使用write complex导出结果，最后小分子...

绽开的血滴

2018-12-5

新窗

autodock对接成功后，使用write complex导出结果，最后小分子构型出错！以前同样的操作没有出现过错误，不知道是什么情况，求解答！查看全文

916 2 0 0 分子对接
AutoDock在Show Interaction时出现Dimensions too large的错

残痕滴泪

2018-12-5

新窗

如题，AutoDock在Show Interaction时出现Dimensions too large的错误。[/backcolor] 传不上图，只好复制一下了，错误是这样的：[/backcolor] IDLE 1.2.2 ==== No Subprocess ====[/backcolor] >>> ERROR ***** ...查看全文

1054 4 0 0 分子对接
autodock里的vina没有

素帐飘雪

2018-12-5

新窗

我看视频里的自动对接需要一个dock.pdbqt 这个是什么格式的文件我也无法打开vina

878 2 0 0 分子对接
有没有人会GOLD的共价对接啊~

魂不附体的妞

2018-12-5

新窗

求助：[/backcolor] 现在正在做gold的共价对接，做的效果不是特别的好，请问各位大侠们，有没有gold共价对接的教程之类的~[/backcolor] 谢谢了！[/backcolor] ...查看全文

877 5 0 0 分子对接
虚拟筛选库的选择

心神不宁的郎

2018-12-5

新窗

pubchem，或者zinc都可以。用pyrx软件转换成pdbqt格式。可以实现约3000个化合物的同时转换。并且autodock官网有linux中的脚本。查看全文

857 0 0 0 分子对接
vina 虚拟筛选log文件的分析的脚本

望誰回眸

2018-12-5

新窗

由于附件中不能上传pl文件，你把后缀的doc去掉。脚本中已经包含了使用方法，vina筛选不明白的地方可以联系我。查看全文

920 6 0 0 分子对接
蛋白来源

奈何桥上

2018-12-5

新窗

请教一下各位大神在选择受体做对接时为什么要优先考虑人源的呢？如果只有兔源的，可以做对接吗？和人源受体相比，差别在哪里？查看全文

908 0 0 0 分子对接
关于分子对接的一点问题要请教一下大家。

就这样

2018-12-5

新窗

刚接触分子对接有点问题想要问问大家，希望大家能指导我一下。 1、我是用vina来做对接的，对接盒子的中心位点怎么设置呢，是以大分子文件中的配体为中心吗？如果下载来的大分子不包含配体小分子的话怎么办？以大分子 ...查看全文

924 0 0 0 分子对接
我做到dlg文件之后打不开了，求大神这是什么情况

东京樱花

2018-12-5

新窗

********************************* Traceback (most recent call last): File "C:\toolsssss\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\to ...查看全文

901 3 0 0 分子对接
audock_win运行出现如下错误，请教各位大神

洒向巴黎的街

2018-12-5

新窗

Traceback (most recent call last):[/backcolor] File "D:\Program Files (x86)\autodock\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto[/backcolor] result = command( *args, **kw )[/bac ...查看全文

911 0 0 0 分子对接
在autodock对接前，下载pdb受体原来的配体是否要删除

单纯的像孩子

2018-12-5

新窗

我需要做大批量的对接药物配体和受体筛选，原有的下载pdb受体蛋白质怎么处理好，直接用还是删除原有配体，采用什么方法或软件比较好啊，谢谢~！ ...查看全文

930 0 0 0 分子对接
GOLD进行共价对接

解释就是事实

2018-12-5

新窗

GOLD重复文献进行共价对接，结果Goldscore.Fitness值一直显示负值，请教是什么原因？[/backcolor]

901 0 0 0 分子对接

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