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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子对接

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分子对接

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新窗

用ADL显示vina相互作用出错，求大神帮忙看看

白衬衫

2018-12-5

新窗

用autodocktools查看vina对接结果，用show interaction看对接作用的时候出错，如下求大神帮忙看看应如何解决 Python 2.5.2 (r252:60911, Feb 21 2008, 13:11:45) [MSC v.1310 32 bit (Intel)] on win32 Type "copyr ...查看全文

891 0 0 0 分子对接
Win版本LeDock运行出错的微软官方补丁

愛上自己的影子

2018-12-5

新窗

有些用户反应运行Win版本的LeDock出现以下运行错误： This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way. Please contact the application's support team for more information. ...查看全文

1062 6 0 0 分子对接
autodock vina 受体蛋白中含金属Mo报错

过客谁是谁

2018-12-5

新窗

Parse error on line 12281 i file "1n5x1.pdbqt":ATOM syntax incorrect:"Mo" is not a valid Autodock type.Note that AutoDock atom types are case-sensitive. 使用vina做虚拟筛选，受体是1n5x,它的活性中心含金 ...查看全文

1177 9 0 0 分子对接
从drugbank，如何下载可以直接导入AUTODOCK运行的配体

是我不好

2018-12-5

新窗

小弟刚刚研一对分子对接还没有入门，昨天导师发了一篇关于对接的文献，说是从DRUGBANK网站上下载小分子，可是下载下来，并不能直接导入软件运行。[/backcolor] ...查看全文

876 0 0 0 分子对接
急急急急急！docking的问题

都是带着浅笑的

2018-12-5

新窗

docking的时候选择受体但不开，点了没反应，求解答

916 5 0 0 分子对接
vina温度

世间事无常

2018-12-5

新窗

哪位大神知道vina对接的温度是多少，可以更改吗？

899 3 0 0 分子对接
有关autodocktools 的parameter library-急求

随遇而安

2018-12-5

新窗

急求各位大神帮忙解决下问题，我做的是含有Pt的配体与蛋白之间的docking，在run autogrid 时出现问题如下：[/backcolor] C:/Users/Administrator/Desktop/cisplatin/autogrid4.exe: ERROR: unknown ligand atom typ ...查看全文

959 3 0 0 分子对接
受体与配体没有结合怎么办？

我有的唯有忍耐

2018-12-5

新窗

求指导~ 如图啊在adt中分析结果时显示的配体与受体完全是分开的怎么办啊？

973 3 0 0 分子对接
结果分析求意见，第一次做，不会分析

sherry

2018-12-5

新窗

我做一个药物靶标与蛋白质受体的理论筛选，筛选结果的打分就是binding energy吗？取一个打分最小的值么，如-12.26？不知道怎么看结果查看全文

950 3 0 0 分子对接
PyRx虚拟筛选

胭染苍白颜

2018-12-5

新窗

文献报道受体蛋白有三个结合位点，而且不同结合位点的化合物类型均有报道。小白想用PyRx软件对这三个结合位点各自进行虚拟筛选，首先对软件的可靠性进行分析，就是把文献报道的所有晶体复合物中的配体构建一个小分子 ...查看全文

877 2 0 0 分子对接
有突变位点的对接问题

chole

2018-12-5

新窗

有文献显示，某一蛋白的肽链段中的氨基酸会发生改变，造成蛋白变化。能否手动修改PDB文件将氨基酸残基改变，营造突变位点。想问问大家，如何直接修改PDB文件？如果是直接修改PDB文件会不会改变蛋白二级三级结构？如 ...查看全文

886 2 0 0 分子对接
受体中含有金属离子

ashley

2018-12-5

新窗

大家好，有没有人用autodock做过受体中活性部分含有金属离子的分子对接，交流一下经验，谢谢！查看全文

852 0 0 0 分子对接
如何将Receptor上两条链中的两个ASP25氨基酸残基显示为求棍...

Catherine

2018-12-5

新窗

如何将Receptor上两条链中的两个ASP25氨基酸残基显示为求棍模型，求操作具体步骤

880 4 0 0 分子对接
活性中心有金属离子的酶跟小分子底物的对接

alice

2018-12-5

新窗

小生想做一个活性中心有金属离子（锌离子）的酶跟小分子底物的对接，问题是没有锌离子的参数，参照教程完成不了此项工作还望各位前辈指导！查看全文

843 0 0 0 分子对接
最后 show interactions 时发生的错误请教各位错误在哪如...

alira

2018-12-5

新窗

Traceback (most recent call last): File "C:\Python34\Lib\site-packages\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Python34\Lib\site-p ...查看全文

906 3 0 0 分子对接
抗原抗体亲和力预测

PRICE

2018-12-5

新窗

现在想做抗原抗体间亲和力预测的话，该用哪款软件比较合适呢？谢谢各位大神[/backcolor]

904 4 0 0 分子对接
有没有哪位老师用过swissdock在线软件？

独占你的爱

2018-12-5

新窗

参数如何设置？对接结果怎么分析？运行出来结果不会分析，求赐教!!

914 0 0 0 分子对接
初学者，在准备受体和配体时出的错，，

Decadent

2018-12-5

新窗

Traceback (most recent call last):[/backcolor] File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto[/backcolor] result = command( *args, **kw ...查看全文

974 2 0 0 分子对接
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol' 问题详解

要疼你一辈子

2018-12-5

新窗

写在前面：该问题目前并没有解决。最近使用autodock进行对接，过程中出现两个错误： 1，运行autogrid4时直接报的error2，这是因为进行autogrid时候没有指定autogrid4.exe的路径，指定绝对路径后，运行，没有问题 ...查看全文

1633 0 0 0 分子对接
辅酶对接

久而旧之

2018-12-5

新窗

氧化还原酶的辅酶能对接上去吗？一般氧化还原酶的辅酶是怎么对接到酶分子上的？

904 0 0 0 分子对接

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