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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子对接

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分子对接

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新窗

Auutodock对接用到的配体怎么保存为ASD.pdb格式呢，

我的爱只是你

2018-12-5

新窗

配体的准备做不同的对接，配体大都要自己画，因此Chemoffier3D来画。并进行MM能量优化，保存为ASD.pdb文件。[/backcolor]查看全文

868 0 0 0 分子对接
dock得到的结果如何保存高清图片

不怕世界末日

2018-12-5

新窗

各位坛友，我通过autodock软件dock得到的结果可以看到我的DNA与小分子之间形成氢键，我想保存成高清的图片，请问怎么保存，我试了ADT这个软件，得到的图片质量太差，而保存成pdbqt格式，改成pdb格式以后，却无法获得 ...查看全文

929 0 0 0 分子对接
按照分子对接中文指导说明步骤时出了这个问题

先生请自重

2018-12-5

新窗

求助，按照分子对接中文指导说明步骤做到运算 autogrid时出了这个问题 ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "E:\autodock\lib\site-packages\ViewerFra ...查看全文

891 2 0 0 分子对接
用vina能否将一个蛋白分子和两个底物小分子同时对接？

是一场戏

2018-12-5

新窗

如题，小白问道[/backcolor]

860 1 0 0 分子对接
Autodock Tools 导入配体文件时总是显示Memory error

你是我的

2018-12-5

新窗

Autodock Tools 导入配体文件时总是显示Memory error 求解

896 0 0 0 分子对接
求助啊各位老师。关于vina运行不识别硼原子

称兄道弟的男人

2018-12-5

新窗

各位老师，我最近在做autodockvina运行时，输入命令 vina -config conf.txt -log log.txt 时发现不能识别ligand.pdbqt文件里的硼原子，我不知道在vina运行中怎么解决，之前查了帖子，都是添加原子参数在AD4_paramete ...查看全文

873 1 0 0 分子对接
win7安装aotodock之前，安装cygwin需要安装哪些包啊？

半粒糖甜到傷

2018-12-5

新窗

用核酸适配体与小分子配体对接可行吗？可以用autodock吗？或是其他软件？[/backcolor]

1020 4 0 0 分子对接
核酸适配体(aptamer)结构在那种软件中输入or 绘制？

我在乎你的在乎

2018-12-5

新窗

用核酸适配体与小分子配体对接可行吗？可以用autodock吗？或是其他软件？

865 2 0 0 分子对接
lepro处理蛋白时生成dock.in文件中的盒子大小

没网名用了

2018-12-5

新窗

问题：lepro处理蛋白时生成dock.in文件中的盒子大小是怎么确定的？是在配体周围的多少距离设置的盒子? 在实际的虚拟筛选中，出现一个问题：预测的盒子大小是否能容下对接的分子？ ...查看全文

872 0 0 0 分子对接
【求助】autodock受体里面柔性残基要怎么找

香草先生

2018-12-5

新窗

autodock受体里面柔性残基要怎么找[/backcolor]

923 3 0 0 分子对接
求autodock vina Win7 32bit安装软件！跪谢！

怀念你的爱

2018-12-5

新窗

各位大侠小博是坛子里的新手求autodock vina Win7 32位安装软件和使用教程跪谢跪谢！！！！！！！！查看全文

966 5 0 0 分子对接
关于反向对接软件的推荐，谢谢

逃逃逃逃不掉

2018-12-5

新窗

请问，能推荐一下好用点的能进行反向对接的软件吗？？最好是开源的，谢谢！！！

914 2 0 0 分子对接
在Ubuntu上安装mgl的问题

情人总分分合合

2018-12-5

新窗

想用linux系统做对接，安装后出现了错误。[/backcolor] 打开adt后出现如下错误。[/backcolor] The _imaging C module is not installed[/backcolor] Welcome to Python Molecule Viewer![/backcolor] Visit [/back ...查看全文

922 2 0 0 分子对接
分子对接

没有桃子的阿狸

2018-12-5

新窗

对于同源性很差的蛋白，如何实现分子对接

904 2 0 0 分子对接
ledock关于蛋白含有DNA的怎么对接

不给爷笑

2018-12-5

新窗

我们在做ledock时，发现如果蛋白里含有DNA的时候，运行lepro时，生成的pro.pdb文件里DNA被删除，影响对接结果如果只有DNA时，直接运行lepro时，出来的boxer会把整个DNA包括在内，而且dok的结果为0 请问这种有DNA的 ...查看全文

924 2 0 0 分子对接
autogrid时盒子大小如何确定

自欺欺人

2018-12-5

新窗

各位，求问autogrid的坐标和盒子大小根据哪些因素来确定啊，新手不懂啊。。。。[/backcolor]

900 3 0 0 分子对接
请问ligand处理时无法检测root，choose torsions报错

失之永失

2018-12-5

新窗

968 4 0 0 分子对接
autodock vina柔性对接后结果怎么合并

迩若不离

2018-12-5

新窗

autodock vina柔性对接后结果输出后，里面是小分子配体贺蛋白的柔性残基，怎么合并到完整的蛋白里去啊查看全文

932 2 0 0 分子对接
Gold中如何指定水分子的初始位置？

爱我者我必爱

2018-12-5

新窗

我想预测关键水分子在口袋处的结合的位置，有了水分子的初始坐标，但怎么样指定这个坐标呢？[/backcolor]查看全文

893 0 0 0 分子对接
AUTODOCK如何保存两个及以上的分子为pdb

依赖太阳生存

2018-12-5

新窗

怎么用AUTODOCK保存两个及以上的分子为pdb文件。我打开配体和受体文件直接保存PDB文件提示多余两个分子不能保存。查看全文

918 3 0 0 分子对接

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