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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子对接

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分子对接

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新窗

Auto-dock求助大神

不分手的恋爱

2018-12-5

新窗

Auto-dock中，有这步：新建工作文件夹“1HSG”，将编译好的“autogrid4，autodock4”程序不知道是什么意思，求助大神啊查看全文

949 2 0 0 分子对接
LeDock在Centos6.2下的安装问题

让你忘记我

2018-12-5

新窗

老师，您好！我想用ledock进行虚拟高通量筛选，从网上下载的ledock运行时也碰到论坛里面的问题：ledock: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by ledock)。但由于服务器使用的人很多，管理 ...查看全文

958 2 0 0 分子对接
Autodock能做DNA和蛋白的对接吗?

对对碰

2018-12-5

新窗

我想预测转录因子和靶基因之间的相互作用关系，可以用autodock来进行分子对接吗？

987 2 0 0 分子对接
询问vina的安装问题，请赐教，谢谢！！

倚楼醉听曲

2018-12-5

新窗

如题，我的vina安装路径为：C:\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina 可是为啥Vina.exe就是打不开呢，然后又看到网上说设置环境变量，我也照着设置了，可是还是打不开，是不是环境变量设置错误了，还 ...查看全文

973 4 0 0 分子对接
新手求大神指导两个问题

问君何时娶

2018-12-5

新窗

1、Grid →Grid Box… 打开Grid Options对话框，将格子的大小设置为X， Y， Z： 40， 40， 40，我看了两个教程，这个格子大小的设置都不一样，也没说为什么设这么大，这是什么意思？[/backcolor] 2、然后将格子中心 ...查看全文

996 4 0 0 分子对接
sphgen 怎么下载啊

纠缠纠葛

2018-12-5

新窗

请问一下，我看了2012 DOCK tutorial with Streptavidin 的教程。里面有一个sphgen 的软件，但是我在网上搜索了半天也没找到下载的地方，每一个都是提一下需要用这个软件。能告诉一下到底是一个什么软件么，在哪儿能 ...查看全文

1095 5 0 0 分子对接
autodock对接处理

笑多了会怀孕

2018-12-4

新窗

新人求赐教：请问autodock对接时会删水加氢，原因是什么呢？？不删水的话可以么，对结果有影响么？查看全文

1129 4 0 0 分子对接
有人遇到过warning：found an h-bonding atom with three bonded atoms...？

莂說対罘

2018-12-4

新窗

运行autogrid4遇到 warning：found an h-bonding atom with three bonded atoms，atom serial number 718，但是程序还是能往下跑...会对结果有影响么？怎么解决啊？[/backcolor]查看全文

1058 2 0 0 分子对接
Autodock对接作用力分析？

执念一人

2018-12-4

新窗

文章中用到Autodock小分子与蛋白作用模式图，审稿人提问：How do the authors know that ligands bound to these enzymes by hydrophobic effect and van der waals forces? 请问autodock中哪些参数，或者什么图模式 ...查看全文

1002 2 0 0 分子对接
ADT4中扪autogrid出现如下错误，什么原因，如何解决，求高...

假面绅士

2018-12-4

新窗

ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "E:\Mgltools\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **k ...查看全文

1042 3 0 0 分子对接
autodock vina

灭零

2018-12-4

新窗

哪位大神知道vina对接时的温度，这个对接温度可以调吗？[/backcolor]

965 0 0 0 分子对接
请问dock适用于怎样的分子对接，能否用于dna与蛋白质的对...

狩猎少女

2018-12-4

新窗

就是想知道dock和autodock和DS他们之间的区别，都适用于怎样的分子对接，能否用于dna与蛋白质的对接。还用能用于dna与蛋白质对接的软件。急急急，求大家帮帮忙 ...查看全文

1013 3 0 0 分子对接
Lodock结果如何分析

怒默语晨

2018-12-4

新窗

因为初次使用LeDock，感觉教程写的很好，唯一遗憾是得到的结果不知道怎么操作. 请问对接后生成的结果能不能看到配体和受体的作用位点，能否看到氢键，能否得到和Autodock类似的图呢？如果能，具体怎么操作，能不能普 ...查看全文

1142 3 0 0 分子对接
核酸与小分子之间的对接

你画我猜

2018-12-4

新窗

各位大神，求指教，谁知道什么软件可以做核酸与小分子之间的对接吗？？？？谢谢各位了[/backcolor]查看全文

954 0 0 0 分子对接
AUTODOCK软件下载

突击风暴

2018-12-4

新窗

求分子对接AUTODOCK软件包！！！

1061 3 0 0 分子对接
autodock4运行时报insufficient grid points

极度嚣张

2018-12-4

新窗

想问一下大家, 用一个软件先计算了一个蛋白质的口袋,然后再设置grid的这一步把其中一个口袋包裹进去了,然后运行autogrid没报错,但在运行autodock时提醒insufficient grid points. 然后我把口袋扩大(从4040 40扩大到6 ...查看全文

1027 2 0 0 分子对接
RSCB数据库上查找蛋白质的问题

青锋先森

2018-12-4

新窗

想要找一个cox-2蛋白质，但搜索结果都是其他抑制剂bound to的结果，[/backcolor] The Structure of Meclofenamic Acid Bound to Human Cyclooxygenase-2 [/backcolor] The Structure of Mefenamic Acid Bound to Hum ...查看全文

976 2 0 0 分子对接
使用pyrx的vina出现问题

云天之巅

2018-12-4

新窗

求问一下，我用pyrx的vina做对接，结果出来了，我想点开plot这个数据绘图对话框时，出现这个错误，是怎么回事呢？查看全文

954 0 0 0 分子对接
关于Autodock 的使用，请教师兄师姐

书染桔灯

2018-12-4

新窗

导师命令我们自己研究这个软件，脑子一头雾水，求学者们帮忙指导，谢谢

944 2 0 0 分子对接
autodock安装问题

海岛奇兵

2018-12-4

新窗

在安装autodock应用程序时，出现了闪退，不知是什么原因？大神们能否告知安装autodock详细方法？[/backcolor]查看全文

962 2 0 0 分子对接

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