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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子对接

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分子对接

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新窗

配体是选ZINC数据库还是PDB文件上的？

迷人的混蛋

2018-12-4

新窗

我的PDB文件中有受体和配体，用autodock做模拟结合时，配体是选这个PDB中的，还是从zinc数据库上下载？二者有什么差异吗？[/backcolor] 另外，如果从PDB上取配体，用autodock给配体加氢时，会把一些N原子也加上氢， ...查看全文

731 2 0 0 分子对接
给分子加氢报错

感情废物

2018-12-4

新窗

我从protein bank 里下了个微管蛋白，在autodock中删除水后进行加氢，它提示含有未成键源自，我把这些原子删除后重新加氢，然后就出现p'ython报错，不知道为什么，求大神指教 ...查看全文

795 1 0 0 分子对接
蛋白质为核磁共振（NMR）解析，能否对接？

非洲小白脸

2018-12-4

新窗

如题，请问蛋白质为核磁共振（NMR）解析，能否对接？

1057 3 0 0 分子对接
AutoDock中如何添加atom type

爺们狠有范

2018-12-4

新窗

在AutoDock中如何添加atom type。求详细过程，脚本编辑方法。[/backcolor]

866 4 0 0 分子对接
求推荐分子模拟对接的学习材料

他是命却似梦

2018-12-4

新窗

开始着手做分子对接相关方面的实验有一段时间了，但大多是自己捣鼓，也不是很高级的操作。看文献的时候碰到一些专业术语要费好大的劲儿才能弄明白，大家很多都比我开始的早，也更专业，能否推荐一些计算机模拟方面的 ...查看全文

834 3 0 0 分子对接
大家都是怎么从Autodock上得到一些比较好看的对接图的？

命里缺你

2018-12-4

新窗

使用Autodock有一段时间了，常在别人的论文里看到一些对接图，我都是用笨办法直接抠图，不知道大家都怎么弄的？还有个问题是当配体和受体同时显示在图形界面时，他们的相对位置是随便放的，还是软件经过计算的？ ...查看全文

1322 2 0 0 分子对接
将柔性残基的坐标与骨架坐标合并

听风暖

2018-12-4

新窗

将柔性残基的坐标与骨架坐标合并[/backcolor]

774 2 0 0 分子对接
Autodock分子对接问题请教

戎马书生

2018-12-4

新窗

要对接的蛋白质含有辅酶磷酸吡哆醛（PLP），首先需要PLP与蛋白质中的lys180残基形成共价键，然后再和底物对接，请教在autodock中该怎样设定使lys与PLP形成共价键？谢谢！ ...查看全文

761 2 0 0 分子对接
真心求懂得学长学姐求教autodock软件

滴墨成殇

2018-12-4

新窗

因为要用到autodock软件，但本人完全看不懂，求求各位懂的学长学姐教一教，真心请求了。

901 0 0 0 分子对接
Mac下使用lefrag简介

顾我安稳

2018-12-4

新窗

Lefrag也是一个很强大的工具。今天在找老师指点下用了一下。简单介绍一下。方便初学者。[/backcolor] 1.去lephar网站下载lefrag mac，放到应用程序里的ledock文件夹（自建），改名为ledock[/backcolor] 2. 打开终端 ...查看全文

794 0 0 0 分子对接
mac下使用ledock报错

許你一世溫柔

2018-12-4

新窗

在Mac os 10.11的终端中使用ledock。结果报错：libc++abi.dylib: terminating with uncaught exception of type std::length_error: vector 求解决办法。多谢查看全文

785 0 0 0 分子对接
Dock活性位点不确定的对接

貪戀妳的溫柔

2018-12-4

新窗

在蛋白质与抑制剂对接时，从文献中得知结合部位的大致位置（某几个氨基酸附近），在对接时用最大簇，对接后的位置与文献中的位置不一样，是不是要换其他簇？还有就是之前可以用RMSD来衡量对接部位的好坏，这里没有 ...查看全文

1619 1 0 0 分子对接
GOLD打分函数

画成描眉

2018-12-4

新窗

请问哈，谁有GOLD打分函数的中文版解释？谢谢

713 2 0 0 分子对接
The _imaging C module is not installed

眉间点砂

2018-12-4

新窗

The _imaging C module is not installed 在Ubuntu下没有这个模板，autodock不能处理？请问你们是怎么解决的？查看全文

751 0 0 0 分子对接
AutoDock Tools在Ubuntu Kylin14、Ubuntu Kylin15下安装的详细步骤

浪者不回头

2018-12-4

新窗

Ubuntu Kylin14、Ubuntu Kylin15下安装：[/backcolor]1. Home文件夹即主文件夹下新建一个文件夹autodock（文件夹可以自己随意新建设置）；[/backcolor]登11.mgltools官网，下载mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar ...查看全文

748 2 0 0 分子对接
有哪位了解cambridge structure database这一数据库的？

鸢尾

2018-12-4

新窗

我正在做分子对接方面的工作，蛋白质等结构就从PDB上下载了。今天刚刚听说CSD这个库，不知道他有什么偏重，官网是哪个，能上的去吗？查看全文

776 0 0 0 分子对接
药物活性位点的确定

素年未逝

2018-12-4

新窗

谁有通过计算来确定药物活性位点的文献？能否奉献一两篇？比如HCV NS5B聚合酶有四个活性位点，想通过分子对接来确定小分子的最佳结合位点，想找一篇文献来看看人家怎么操作的，谢谢 ...查看全文

869 0 0 0 分子对接
Ubuntu14.04.3下通过软件中心安装AutodockTools和Raccoon，都不能...

无人像你

2018-12-4

新窗

终端输入runAdt命令，提示如下错误信息：[/backcolor] TclError: cannot use geometry manager grid inside .140204979420192.140204979420696.140204914451880.140204914454112 which already has slaves managed b ...查看全文

1230 0 0 0 分子对接
分子对接方法富集因子的考察

南风知我意

2018-12-4

新窗

分子对接方法富集因子的考察请问哈，有谁做过这个？求指教，谢谢

722 0 0 0 分子对接
sc-PDB数据库难以下载，求SCPDB数据库

一婊人才

2018-12-4

新窗

sc-PDB数据库难以下载，求SCPDB数据库

760 1 0 0 分子对接

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