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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

招聘版主，希望大神积极参加！

极客学术

2018-12-17

附件置顶

为了更好促进求职招聘版的发展，招聘各版版主，有意者请积极参加，随时联系我。[/backcolor]基本要求：[/backcolor] [/backcolor]1.及时回复版内新人咨询，有相对丰富的求职经验（kanke），热心助人；[/backcolor] [ ...查看全文

3604 1 0 0 版主招聘，申请及离职
极客学术积分规则

极客学术

2018-12-18

置顶

论坛总积分计算方程式：发帖数 * 0.5 + 威望 + 贡献 + 精华帖数 + 在线时间(小时) *.03 + 好友数 1.每天登录将获得2点极客币和5积分的增长。 2.参与论坛投票获得极客币1点同时总积分加1（此项每天只能获得10点） ...查看全文

3077 0 0 0 版主招聘，申请及离职
发帖奖励标准

极客学术

2018-12-19

置顶

帖子评分奖励和惩罚标准该标准适用于论坛各个版块（各区的区务版块不包括在内），个别区由于特殊原因会有所不同，在贴后会有说明。该标准只规定了奖罚的上下限，希望各位版主公平公正的评分。奖励标准中所提及的精 ...查看全文

3338 0 0 0 版主招聘，申请及离职
请教用amber做md时出错，保存拓扑文件和坐标文件时

Catherine

2018-11-28

新窗

>Check gal[/backcolor] checking 'gal'....[/backcolor] FATAL: Atom .R.Adoes not have a type[/backcolor] 在检查时出现以上错误，请大侠们指教指教啊，[/backcolor]查看全文

980 8 0 0 分子模拟
求Fe-He势函数文件

紫夜雪舞

2018-12-6

新窗

各位大神，有没有Fe-He势函数文件能被lammps软件使用的。目前看到相关文献上有介绍（例如：A new Fe–He interatomic potential based on ab initio calculations in α-Fe-gao2011），小弟是新手，却不知道如何将该 ...查看全文

980 8 0 0 分子模拟
关于gpu的gromacs

不给爷笑

2018-11-23

新窗

最近尝试了一下安装gromacs4.6版本，但到了make阶段出现了错误，进行不下去了，也不知道怎么解决，不知道哪位童鞋能够帮忙看一下，谢谢~~[/backcolor] 我是有安装gpu的，在cmake阶段gpu=on，也没报错。安装的cuda是5 ...查看全文

1026 7 0 0 分子模拟
gromacs能混用两种力场不?

怀念你的爱

2018-11-23

新窗

我做的模拟中有2种物质，分别的立场参数都找到了，但是却不是同一种力场，将其中一种改为另一种又觉得难度太大了，不懂哪位高手知道gromacs能混用两种力场吗？怎么个混用法？急啊！[/backcolor] 谢谢大家先！[/backc ...查看全文

1026 7 0 0 分子模拟
为什么NPT下就爆裂了？

夏至未至

2018-11-26

新窗

在固定某些原子时，使用NVT下没问题；但当固定某些原子时，使用NPT总是系统暴裂；我使用如下命令进行固定： freezegrps = freezedim =Y Y Y 并也测试了在itp文件中利用束缚，都是爆裂。请各位高手指教？ ...查看全文

890 7 0 0 分子模拟
GROMACS标准文件读写C语言接口（top文件、gro文件、pdb文件、...

蔷薇的眼泪

2018-11-26

新窗

GROMACS标准文件读写C语言接口（top文件、gro文件、pdb文件、xvg文件）[/backcolor]

1053 7 0 0 分子模拟
含铜蛋白分子动力学模拟的力场参数

為愛停留

2018-11-27

新窗

各位师兄师姐好，我想用Amber做一个含铜蛋白的分子动力学模拟，这个蛋白是双铜中心，每个铜配位3个His上的N，就是请问铜的力场参数怎么确定？[/backcolor] ...查看全文

885 7 0 0 分子模拟
crd文件的体系坐标建立

天空之城

2018-11-27

新窗

不知道大家的crd文件都是怎么建立的。现在把我的方法分享给大家，同时也给自己留个备份。比如，我要建立一个100个水分子的体系。第一步：建立一个水分子的正确构型我先画一个H2O的坐标。二维就可以了，也不必注意 ...查看全文

884 7 0 0 分子模拟
tleap 出现 fatal 急救

grace

2018-11-28

新窗

以下是在leap.log文件中出现的，输入命令saveamberparm后生成的prmtop和inpcrd文件全是空文件，有哪位高人知道怎么处理吗？或者哪里可以找到答案，谢谢啦！[/backcolor] FATAL:Atom .R.A does not have a type.[/bac ...查看全文

1031 7 0 0 分子模拟
有lammps初学者用的小程序么分享一下谢谢诶

你浓我浓的梦

2018-11-19

新窗

衷心感谢[/backcolor]

932 6 0 0 分子模拟
体系中的点缺陷数目

你是我的

2018-11-19

新窗

之前通过计算空位和间隙原子的形成能，然后通过公式计算空位浓度。[/backcolor] 不知道Lammps里是否有命令直接统计计算体系中的点缺陷数目呢？文献中提到计算点缺陷的方法是：如果点阵位置没有原子，则为空位缺陷； ...查看全文

874 6 0 0 分子模拟
EMD计算水的热导率

我的爱只是你

2018-11-19

新窗

我采用键长建角可变的SPC水模型计算水的热导率，用fix ID group-ID ave/correlate Nevery Nrepeat Nfreq value命令计算热流相关函数，在其他条件不变的情况下，改变Nevery Nrepeat Nfreq的值，算出来的热导率就相差 ...查看全文

899 6 0 0 分子模拟
势函数里的截断半径和什么有关

Decadent

2018-11-19

新窗

我要写的势函数模拟的是Ni在熔点附近的线性集体运动，知道势函数结构。也知道所用势函数方程的具体形式，和没项所表示的意义。存在问题1.不知道势函数描述原子势的原理[/backcolor] 2.势函数了里面Nr，Nrho值怎么取 ...查看全文

917 6 0 0 分子模拟
lattice fcc 4.05 orient x 0 3 1 orient y 0

alice

2018-11-19

新窗

lattice fcc 4.05 Lattice spacing in x,y,z = 4.05 4.05 4.05region whole block 0.000000 12.807225 -64.0361225 64.0361225 0.000000 4.050000 units box create_box 2 whole Created orthogonal box = (0 -64.03 ...查看全文

929 6 0 0 分子模拟
如何实时输出特定区域内所有原子的温度和压力？

过客谁是谁

2018-11-19

新窗

下图是我模拟的问题：两侧是固壁，中间是气体原子。我想把体系划分成5个区域（下图中6条白色的线条之间的部分），然后在模拟的过程中实时输出每一部分内所有原子在每个时刻的温度和压力。但由于模拟的物质是气体， ...查看全文

963 6 0 0 分子模拟
切削模拟

白衬衫

2018-11-19

新窗

用lammps进行切削仿真，有这方面例子吗

836 6 0 0 分子模拟
一本书，分享给gromacs的初学者

迩若不离

2018-11-23

新窗

找到一本书，分享给像我一样的gromacs初学者，希望和大家一起进步。由于书特别大，所以放到了以下邮箱中，请自己下载4个压缩分卷，并不要改动密码，谢谢。 gxjnewbook@yahoo.com.cn 密码：book132546 ...查看全文

1089 6 0 0 分子模拟
关于martini力场教程protein in water问题

背不动

2018-11-26

新窗

我按照maritini官网http://md.chem.rug.nl/cgmartini/ ... /ubiquitin-in-water 教程2a，水中蛋白质做练习，到了第六步，装完水之后就不会了。 6. Do a short energy minimization and position restrained simulati ...查看全文

989 6 0 0 分子模拟
新手speptide的模拟过程

黑白格子控

2018-11-26

新窗

今天把speptide跑了一遍，算是开始了俺的GROMACS之旅...用之前的word文档里的东西搞有不少问题，折腾了一天，中间还重装了一次Ubuntu，囧死我了。把文件附上。把用的命令附上。希望对新手有些帮助吧。注：word文 ...查看全文

1004 6 0 0 分子模拟
如何通过gromacs选择一定范围内的水分子

醉冷倾城

2018-11-26

新窗

我想选择小分子配体周围0.5nm范围内的水分子并生成一个PDB文件，请问如果通过gromacs命令实现？谢谢大家。[/backcolor]查看全文

1048 6 0 0 分子模拟

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