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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

curve结果不合理

守一座空城

2018-11-27

新窗

各位模拟达人，我用curve计算出的DNA沟参结果很不符合常规，和实际构型相差很多，不知是什么原因造成的，请帮我看一下吧[/backcolor] Buckle PropelOpenin[/backcolor] (kappa)(omega) (sigma[/backcolor] ...查看全文

811 1 0 0 分子模拟
AMBER QM/MM md时候出现的错误

生性寡淡

2018-11-27

新窗

QMMM: WARNING![/backcolor] QMMM: Unable to achieve self consistency to the tolerances specified[/backcolor] QMMM: No convergence in SCF after 1000 steps.[/backcolor] QMMM: Job will continue with uncon ...查看全文

960 3 0 0 分子模拟
MMPBSA complex VDWAALS数值很大

青森叶寒

2018-11-27

新窗

运用AMBER，MMPBSA计算binding free energy，结果出错，complex的VDWAALS异常的大； |Input file: |-------------------------------------------------------------- |Per-residue GB and PB decomposition |&gener ...查看全文

868 3 0 0 分子模拟
packmol与AMBER连用

洒脱的像风

2018-11-27

新窗

在使用显性溶剂周期性条件时，packmol是一个比较好用的初始结构生成工具。从比较AMBER中的solatebox所生成的PDB文件与Packmol所生成的就可以看出，AMBER所生成的所有溶剂分子排列方向均一致，而Packmol的PDB文件溶剂 ...查看全文

959 2 0 0 分子模拟
请问为什么amber中有的torsional 参数为零

孤巷里的猫

2018-11-27

新窗

各位好，[/backcolor] 我没有直接用Amber软件包，但是用到Amber力场参数（在Gaussian里面）。在发表于J. Am. Chem. Soc.，117， 5179 （1995）的Amber力场参数里，我发现有些扭转参数为0，不太理解。例如对X-CA-CT-X ...查看全文

805 0 0 0 分子模拟
mmpbsa报错，请指导～

心安伴我暖

2018-11-27

新窗

我生成了配体，受体，和复合物的拓扑坐标文件，编写了in文件，然后执行命令$AMBERHOME/exe/mm_pbsa.pl binding_energy.mmpbsa > binding_energy.log 报错如下： Can't use an undefined value as an ARRAY reference ...查看全文

901 4 0 0 分子模拟
Amber计算单个分子的VDW，elec等，应该怎么计算啊

一只帅祖宗

2018-11-27

新窗

我想计算一个分子的熵，VDW，elec等曲线，请问用amber可以计算单个蛋白的熵？VDW？吗？希望高手能给我少许的指点,先说声谢谢了！[/backcolor]查看全文

805 2 0 0 分子模拟
如何用PBS脚本提交几个连续的作业？

不念过去

2018-11-27

新窗

你好！我集群上提交amber的运行脚本是这个脚本runamber.sh：[/backcolor] #!/bin/bash[/backcolor] JobSub=$1[/backcolor] nodes=$2[/backcolor] ppn=$3[/backcolor] args=$4[/backcolor] if [ ! $JobSub ]; then[/b ...查看全文

911 4 0 0 分子模拟
关于NAMD模拟后得到的轨迹进行MM

不将就

2018-11-27

新窗

我用NAMD软件模拟小分子与酶的相互作用关系。想计算小分子与酶的结合能，听说用AMBERTOOL的SMMPBSA.py 可以计算MM-PBSA。现在已经用NAMD模拟得到轨迹文件。可是不知道接下来改怎么操作了。是不是先安装好新出的Amber ...查看全文

788 2 0 0 分子模拟
要计算MM

小花骨朵

2018-11-27

新窗

想计算MM-PBSA（在NAMD下用Amber力场跑完模拟），请问最低需要的的Amber和Ambertool版本是？[/backcolor]查看全文

825 2 0 0 分子模拟
关于动力学模拟重复实验结果

她不美

2018-11-27

新窗

之前的一个体系跑动力学，结果还可以。现在想重复这个体系再跑一次动力学。好像要在in文件里面添加Ig=-1，是在优化的in文件或MD的in文件直接添加参数ig=-1么？[/backcolor] 谢谢！[/backcolor] ...查看全文

774 0 0 0 分子模拟
**help~~~**amber中NH4参数的问题

行尸走肉

2018-11-27

新窗

在体系里加进去两个NH4，保存成pdb的时候都不带氢，在amber中进行处理，结果其中一个氮原子出现错误，说是没有原子类型。我用gaff力场对两个NH4分别进行处理，结果其中一个无法得到参数文件…… 有没有知道怎么解决 ...查看全文

808 0 0 0 分子模拟
含铜蛋白分子动力学模拟的力场参数

為愛停留

2018-11-27

新窗

各位师兄师姐好，我想用Amber做一个含铜蛋白的分子动力学模拟，这个蛋白是双铜中心，每个铜配位3个His上的N，就是请问铜的力场参数怎么确定？[/backcolor] ...查看全文

885 7 0 0 分子模拟
求amber mm_pbsa example 教程

爱情废柴

2018-11-27

新窗

求amber mm_pbsa example 教程，不会用啊。。。。万分感谢！！[/backcolor]

803 3 0 0 分子模拟
关于do_dssp

假妆狠幸福

2018-11-26

新窗

请问大家，我想分析一个只有16个残基的peptide 的二级结构，可以用如下命令吗？[/backcolor] do_dssp -s md.tpr -f full.trr[/backcolor] 可是好像非常慢，这是为什么呢？还有，得到的结果用什么工具看呢？十分感谢[ ...查看全文

1101 5 0 0 分子模拟
do_dssp 使用求助

云游四海

2018-11-26

新窗

我先从 ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/下载了linux 版本的dssp[/backcolor] 解压缩到目录/home/jiaobao/ruanjian/dssp/[/backcolor] 之后重新命名为dssp [/backcolor] 然后使用 export DSSP=/home/jiaobao ...查看全文

1152 3 0 0 分子模拟
关于用薄板推水形成渗透压

静待她回来

2018-11-26

新窗

gromacs高手：请问能否做到“使一片薄板是刚性的，固定xy平面，在z方向施加力推水，形成渗透压，关键是板子不能变形”。namd实现起来很难，不知gromacs可能做到？ ...查看全文

1036 2 0 0 分子模拟
请教模拟运算服务器的选择

雪鸾莎

2018-11-26

新窗

由于不清楚这种问题该发到什么地方，所以发到Gromacs版混点人气，如果有更合适的地方请版主告诉我，多谢。[/backcolor] 由于实验室要购置服务器，所以想来坛子上问问大家有没有架设服务器的经验，关键是服务器如何选 ...查看全文

1019 2 0 0 分子模拟
gromacs 有没有可以fourier 变换分析的工具？

江雪舞

2018-11-26

新窗

如题，谁用过相关的命令啊？[/backcolor] gromacs 有没有可以fourier 变换分析的工具？[/backcolor]

1071 2 0 0 分子模拟
关于force.c

凝晚雪

2018-11-26

新窗

在gromacs的top文件中有关于键长，角度和二面角限制的forcec.c常数，有人知道这个常数是怎么算出来的吗？查看全文

979 0 0 0 分子模拟

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