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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

lammps中旋转粒子命令displace_atoms的使用报错！

那么丑陋

2018-12-6

新窗

各位老师，我是用lammps研究含能材料的冲击效应。力场为reaxff，体系为PETN晶体，只含CHON四中元素。在将晶体平衡结束后（平衡步数为300000），需要将整个体系旋转，即将【110】方向旋转至与x轴重合，命令为displace ...查看全文

994 2 0 0 分子模拟
请问大家如何理解lammps命令

虚寒问暖

2018-12-6

新窗

本人刚着手学习lammps，读到很长的命令行，比如fix 1 all nvt temp $x $x 1.0 drag 0.2，每个style都能读懂，但是连在一起就不理解什么意思了，请问大家一开始都是如何理解这些命令的？求指导~谢谢 ...查看全文

913 3 0 0 分子模拟
lammps中fix heat命令的疑问

人生苦短

2018-12-6

新窗

大家好，[/backcolor] 小弟最近想用lammps中的fix heat命令模拟恒定热流的条件，但是看manual中的fix heat命令未能理解该命令的内涵。[/backcolor] Manual中有这样一句话“Note that since eflux has per-time units ...查看全文

910 2 0 0 分子模拟
ovito可以辅助建模吗

看淡灵魂

2018-12-6

新窗

想用lammps建立一个如图所示的五重孪晶模型，尝试了很久都有成功，但是ovito中可以导出数据文件被lammps直接使用，我在想如果ovito中通过旋转复制构造模型，然后导出lammps识别的格式，是不是就可以建立模型了，请问 ...查看全文

1088 0 0 0 分子模拟
运行lammps自带例子出错

独特之蕞

2018-12-6

新窗

运行lammps中的例子，例子中没有包含势函数的都可以运行，如果在例子中包含势函数（比如sw.eam等）就会报出error:unknown pair_style sw(../force.cpp:262),请问这个问题如何解决！[/backcolor] ...查看全文

973 2 0 0 分子模拟
Fe-He相互作用势lammps仿真

韩小苏

2018-12-6

新窗

各位大神，请问没有在lammps中的potential中找到Fe-He的相互作用势，怎么样才能获得呢，比如说lj势，或者其它势，请各位大神指点指点。[/backcolor]查看全文

930 2 0 0 分子模拟
Lammps中如何固定一排分子不动，再施加力是石墨烯片发生弯折？

苏莹

2018-12-6

新窗

如何用lammps实现按照一定角度弯折石墨烯成两面平行的折叠石墨烯？？？

988 0 0 0 分子模拟
求Fe-He势函数文件

紫夜雪舞

2018-12-6

新窗

各位大神，有没有Fe-He势函数文件能被lammps软件使用的。目前看到相关文献上有介绍（例如：A new Fe–He interatomic potential based on ab initio calculations in α-Fe-gao2011），小弟是新手，却不知道如何将该 ...查看全文

980 8 0 0 分子模拟
lammps运行时出现fix rigid错误

乱了谁的容颜

2018-12-6

新窗

急急急！！！！Fix?rigid:?Bad?principal?moments。。运行时出现这个问题，但是不知道该如何解决，体系是周期性边界，是描述在水溶液中放入一个棒状物体。[/backcolor] ...查看全文

973 0 0 0 分子模拟
lammps 超临界求助

最美不过初见

2018-12-6

新窗

请问lammps怎么模拟超临界状态啊？怎么设置压力，，，和相应的计算啊，采用什么系综呢，求大神指点啊，没有一点点概念。查看全文

943 0 0 0 分子模拟
lammps金刚石切削碳化硅

一抹烟红

2018-12-6

新窗

有没有研究金刚石切削碳化硅的可以探讨一下不[/backcolor]

949 4 0 0 分子模拟
lammps，原子旋转，角速度设置

陌上雪见

2018-12-6

新窗

请问lammps中如何实现让一组原子自旋，即给该组原子设置一个角速度？[/backcolor] 查手册上面说要设置角速度，必须先把atom_style设为sphere, 请问还有别的方法吗，在不改变原子类型的前提下[/backcolor] 急求，谢谢 ...查看全文

949 1 0 0 分子模拟
LAMMPS势函数问题

凄羙如嘩

2018-12-6

新窗

我想问大家一个问题。我做的模拟是用铝和镍原子，但是我想加入铜原子进去，但是没有Al-Ni-Cu这个势函数。网上有Cu-Ni的势函数。[/backcolor] 我想问一下，我能先用Cu-Ni的算一个结果出来，再用他们的结果运行Al-Ni ...查看全文

924 0 0 0 分子模拟
请问lammps内部命令可以建出SiC模型吗

谜一般的女人

2018-12-6

新窗

请问lammps内部命令可以建出SiC模型吗[/backcolor]

940 6 0 0 分子模拟
lammps建模完成后如何添加一组原子在原模型中

回眸在曲末

2018-12-6

新窗

各位大神，请教一个问题，在lammps中构建了BCC结构的晶体A，需要在晶体A中删除一部分原子（比如删除一个球形区域），然后在这个区域中添加另外一种原子B。这样的操作需要哪些命令才能实现呢？能量最小化是在构建完晶 ...查看全文

976 1 0 0 分子模拟
Lammps如何输出一个群组(group)的摩擦力?

芦苇薇薇

2018-12-6

新窗

[/backcolor]

1017 2 0 0 分子模拟
lammps reaxff势函数个别参数文件中，X元素是什么东西？有什...

暗夜幽雪

2018-12-6

新窗

992 0 0 0 分子模拟
电解质溶液LiTFSI/PC建模求解

夏至未至

2018-12-6

新窗

目前用lammps来研究锂离子在电解液中的扩散性质和结构特征，需要建立模拟盒子，模拟盒子由51个Li+，51个TFSI-（双三氟甲烷磺酰亚胺阴离子），以及600个PC（碳酸丙烯酯）溶剂分子组成，请问要怎样建立这个模型，有没 ...查看全文

905 2 0 0 分子模拟
谁有软件啊

爱情废柴

2018-11-29

新窗

如题

883 0 0 0 分子模拟
蛋白SER残基特殊处理

望誰回眸

2018-11-28

新窗

大家好，我模拟的protein-lig体系中，蛋白的SER165残基需要将羟基上的氢原子去掉，但是amber默认的SER的羟基是完整的。[/backcolor] 请问有什么办法能生成SER羟基氢原子不存在的蛋白crd文件和top文件的办法吗？[/bac ...查看全文

1002 2 0 0 分子模拟

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