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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

amber 和 namd那个更适合做水

逃逃逃逃不掉

2018-11-28

新窗

amber 和 namd那个更适合做水？[/backcolor]

940 0 0 0 分子模拟
MM－PBSA的mmpbsa.py编译安装

你浓我浓的梦

2018-11-28

新窗

请帮忙看一下这个手册里面的mmpbsa.py脚本如何在amber9中安装编译，http://ambermd.org/tutorials/adv ... _script/compile.htm，我在amber9中试了好几次，就是不行，还下载了ambertools也试了，因为没人指导所以学 ...查看全文

947 5 0 0 分子模拟
安装MMPBSA.PY

不给爷笑

2018-11-28

新窗

amber9只有mmpbsa.pl，想安装MMPBSA.py的可以看下这个教程[/backcolor] http://www.jtben.com/document/294131[/backcolor]查看全文

952 2 0 0 分子模拟
用nmode算熵算一半断掉，能继续算吗？

自欺欺人

2018-11-28

新窗

如果算一半断掉，能接下去手动继续算吗？[/backcolor] 比如已经生成了snapshot_com.all.out， snapshot_rec.all.out 文件，在算lig的熵的时候断掉，怎么继续算呢？如果是手动算，需要用到哪几个命令呢？[/backcolor] ...查看全文

1599 2 0 0 分子模拟
有关对对接产生的复合物进行聚类分析！！！

失之永失

2018-11-28

新窗

大家好：对对接产生的大量复合物结构，通常是通过聚类的方法得到优势簇，然后结合实验信息进一步进行过滤。。我的编程能力有限，我的疑问是有没有什么现成的软件进行聚类？？对于protein-prtotein 体系可以用 ...查看全文

975 4 0 0 分子模拟
amber10（或11）AMOEBA力场tleap文件的写法

爱我者我必爱

2018-11-28

新窗

大家好！[/backcolor] 我想请教一下：如果要使用amber10（或11）中的AMOEBA极化力场，tleap文件应该如何写呢？和使用amber9时的命令是不是不一样？[/backcolor] 请大家多多指教！谢谢！！！[/backcolor] ...查看全文

1002 0 0 0 分子模拟
amber力场的优缺点，特别是amber03力场在库伦势处理中的缺点

迩若不离

2018-11-28

新窗

大家好，想问一下，amber力场在处理库伦势时，有什么缺点。听别人说过：曾有篇文章提到过amber力场处理库伦势时算出的结果会比正常大，这样会导致两个带净正负电荷的基团结合的比正常要紧密的多。请问amber力场是否 ...查看全文

976 0 0 0 分子模拟
关于amber里的坐标和拓扑文件格式

依赖太阳生存

2018-11-28

新窗

在使用xleap过程中，保存*prmtop和*inpcrd文件，在tleap中可以简写成：*top和*crd？两种扩展名的文件是等同的吗？没有任何区别吗？使用*top和*crd时会不会有影响？谢谢大家！ ...查看全文

978 3 0 0 分子模拟
amber运行sander时输出文件出现如下问题，程序停止运行

让你忘记我

2018-11-28

新窗

SANDER BOMB in subroutine nonbond_list[/backcolor] volume of a cell too big, too many subcellslist [/backcolor] grid memory needs to be reallocated, restart sander[/backcolor] 帮忙看看大家有遇到这种问 ...查看全文

950 1 0 0 分子模拟
有没有做脂质体与多肽作用的模拟的？

不分手的恋爱

2018-11-28

新窗

如题~~不知道这种体系可不可以做？[/backcolor]

947 3 0 0 分子模拟
antechamber生成力场参数的问题

对对碰

2018-11-28

新窗

本人是用gromacs做分子模拟的，因为小分子的原因，想用antechamber生成小分子的参数，看到论坛有用antechamber从gaussian结果获取力场的帖子，使用了之后，我想要的基团的部分的键、二面角参数在frcmod文件中仍然是A ...查看全文

923 0 0 0 分子模拟
为啥在输入文件加电荷后，计算出错？？？

纠缠纠葛

2018-11-28

新窗

初学amber，我看书上说可以在输入文件中手动加电荷，可以提高计算精度，我就试着自己在输入文件中加电荷，可是在优化的时候就出错了，这是为什么呢？amber中不让手动加电荷？[/backcolor] ...查看全文

983 0 0 0 分子模拟
amber输入文件中电荷

问君何时娶

2018-11-28

新窗

初学模拟，有一问题，我发现在amber输入文件中除了定义原子类型外，还有电荷，我自己测试了一下，加不加电荷结果不一样，请问，这个电荷是如何得到的？我可不可以先用HF方法算电荷，然后写到输入文件中？ ...查看全文

975 0 0 0 分子模拟
MMPBSA计算熵变时对原子的数目有没有限制

倚楼醉听曲

2018-11-28

新窗

在计算MMPBSA时，我的计算体系比较大，一千个残基，15000多个原子，那么能否用nmode计算出熵变，多谢各位大虾了啊查看全文

1004 6 0 0 分子模拟
amber是否有集群的版本？license？GPU？

黑发尤物

2018-11-27

新窗

大家好最近想买amber 有几个问题想问下大家哈 1：amber是否有集群的版本？还是就一个amber11.amber11可否在计算机集群上跑？ 2：一个实验室买一份就好还是有几个人用就得买几份?license可否多人多台机器共享？ 3：A ...查看全文

1017 2 0 0 分子模拟
记录模拟总过程中指定残基之间距离的脚本（amber）

诗酒趁年华

2018-11-27

新窗

记录模拟总过程中指定残基之间距离的脚本（amber）[/backcolor]

948 2 0 0 分子模拟
pmemd的问题

男T台步

2018-11-27

新窗

我想在跑MD的时候用pmemd代替sander，ntr=0的时候（位置限制关闭）的时候pmemd可以运行；当ntr=1（位置限制开启），pmdmd就不能运行。[/backcolor] 不知道为什么？out文件中在5.reference atomcoordination这里断掉 ...查看全文

973 0 0 0 分子模拟
Amber MD模拟中的 restart file 坐标值过大的问题

俯瞰天空

2018-11-27

新窗

今天在用Amber跑官方教程上的MD的时候出现了以下的错误 forrtl: severe (64): input conversion error, unit 9, file /misc/home/mabiao/amberMD/casestudy/ham/md_0921/02/testequil/heat.rst.007 Image PC ...查看全文

1024 2 0 0 分子模拟
US for Proton Transfer

生性凉薄

2018-11-27

新窗

Amber 网上给了个用SMD做proton transfer的例子，请教大家用一般的umbrella sampling是怎么做的？Thanks![/backcolor]查看全文

965 6 0 0 分子模拟
请教用wham做二维PMF的问题

情场老司机

2018-11-27

新窗

我做的体系有两个反应坐标，一个是蛋白构象的变化（RC1），一个是配体与蛋白的距离(RC2)。[/backcolor] 之前做过相同体系一维的（反应坐标是RC1，蛋白构象的变化）PMF，得出在蛋白聚集的状态有自由能最小值，而随着 ...查看全文

1017 3 0 0 分子模拟

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