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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

请教各位，amber最新版本是??

顾我安稳

2018-11-27

新窗

实验室想买计算软件。不知道正版AMBER最新版本多少钱？请指点一二[/backcolor]

896 0 0 0 分子模拟
关于RDF值的计算问题

滴墨成殇

2018-11-27

新窗

我想计算一个DNA附近离子的RDF值，但是由于没有理论基础，希望高手能给我一些建议怎么计算，我用的是amber体系。查看全文

842 0 0 0 分子模拟
DNA链柔性的计算方法

許你一世溫柔

2018-11-27

新窗

大家好，我想计算一个DNA链的柔性，不知那位高手能够给些建议？怎么计算DNA链的柔性？[/backcolor]查看全文

845 0 0 0 分子模拟
靶向分子动力学（TMD）关于tgtrmsd,tgtrmsmask和tgtfitmask的问题

貪戀妳的溫柔

2018-11-27

新窗

各位大虾，我在TMD的过程中，有一些问题不是太清楚，希望大家帮忙解决一下，不胜感激。[/backcolor] 在我的体系中，tgtfitmask和tgtrmsmask不同，tgtfitmask是需要重叠的残基，力是加到了tgtrmsmask上吗？tgtrmsd是t ...查看全文

1067 4 0 0 分子模拟
有人用amber做过径向分布函数吗？请问？？？

空城依旧

2018-11-27

新窗

请问大家做径向分布函数的三个结果，一般用哪个啊？论坛里面有人说用那个standard的，但是我发现用standard做出的图结果没有趋近于1啊，是不是不对啊？反而我用carnal.xmgr做出的图貌似结果最后是趋近于一的，难道是 ...查看全文

841 0 0 0 分子模拟
关于显示溶剂模型与隐式溶剂模型

离别伊人憔

2018-11-27

新窗

各位同志，显示溶剂模型（explicit-solvent model）与隐式溶剂模型（implicit-solvent model ）有什么主要区别。做amber时加的TIP3P水是显示溶剂模型是吗，amber能用隐式溶剂模型算吗，谢谢大家了！[/backcolor] ...查看全文

894 5 0 0 分子模拟
mm_pbsa 教程

暴走的短腿猫

2018-11-27

新窗

Ras-Raf MM_PB(GB)SA Tutorial: AMBER 8 Bethany L. Kormos and David L. Beveridge* Department of Chemistry and Molecular Biophysics Program, Wesleyan University, Middletown, CT 06459 讲得很详细.我就是看 ...查看全文

821 2 0 0 分子模拟
PDB文件生成inpcrd和prmtop文件

鸢尾

2018-11-27

新窗

我做一DNA的PDB，但里面有些残基（还是配合基）Amber本身没有提供他们的力场，听老师说有个网站可以把PDB转化成crd和top文件，大家有人知道网址吗？谢谢大家了！[/backcolor] ...查看全文

758 3 0 0 分子模拟
组氨酸质子化形式？

浪者不回头

2018-11-27

新窗

跑MD时pH=7时组氨酸的选哪种形式？HIE or HID? 有什么依据啊？[/backcolor]

779 2 0 0 分子模拟
关于sander命令

眉间点砂

2018-11-27

新窗

sander [-O] -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd -r restrt [-ref refc] [-x mdcrd] [-v mdvel] [-e mden] [-inf mdinfo] Arguments in []'s are optionalIf an argument is not specified, the default name wil ...查看全文

867 5 0 0 分子模拟
怎么确定amber中的PME和周期性盒子的大小

素年未逝

2018-11-27

新窗

以前amber的in文件都是采用ntb=1来执行周期性盒子，但是从来没有注意过它的具体尺寸，现在想将amber移植到namd中MD，在设参数时碰到问题，就是红色部分的数值从哪可以获知：[/backcolor] TITLE[/backcolor] &cntrl[/ ...查看全文

849 2 0 0 分子模拟
关于网购AMBER11

假装无所谓

2018-11-27

新窗

请教前辈，网购的话，对方是否提供发票。是美金还是人民币？我们想用科研经费购买，要发票才能报销》[/backcolor]查看全文

873 3 0 0 分子模拟
QM/MM 求救

无人像你

2018-11-27

新窗

大家好，我是用AMBER软件QM/MM模拟酶催化反应中的过渡态，涉及键的打断和生成，因此在QM体系未用qmshake我先跑了传统的MM，拿得到的构象在跑QM/MM，逃过了能量最小化，直接加热了， heating &cntrl imin=0,irest=0,n ...查看全文

844 5 0 0 分子模拟
amber和discovery studio显示结构不一样

把刀藏进衣袖

2018-11-27

新窗

大家好，我有一个蛋白，蛋白里边有一个非标准氨基酸，我构建了这个非标准氨基酸的lib文件，然后在xleap中加载上这个蛋白的pdb结构以后用desc命令发现非标准氨基酸与它的上下游氨基酸是成键的，但是我用saveoff命令重 ...查看全文

982 0 0 0 分子模拟
Amber 中cavity_surften和cavity_offset的定义

南风知我意

2018-11-27

新窗

最近想用AMBER中的pbsa计算溶剂化能，cavity_surften和cavity_offset的设置对非极化项的影响很大。我发现[/backcolor] 1. amber11中cavity_surften和cavity_offset的默认值是0.04356和-1.008；[/backcolor] 2. amber ...查看全文

813 0 0 0 分子模拟
ANAL module 的问题

一婊人才

2018-11-27

新窗

Amber 8 Users' Manual Manual for the (retired) gibbs program Manual for the (retired) carnal program Manual for the (retired) anal program 我现在用的amber11想用ANAL module计算ligand 与其周围环境（rece ...查看全文

785 2 0 0 分子模拟
Anal模块

一念天堂

2018-11-27

新窗

请问大家有人用过Amber9中的ANAL模块分析过能量么？我想问下其输入文件该如何书写，不吝赐教，谢了~~~[/backcolor]查看全文

881 1 0 0 分子模拟
安装amber tools时出错请问什么处理

黑毛茎长

2018-11-27

新窗

安装amber tools时出错请问怎么处理[/backcolor] icpc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I/home/gauss/amber11/AmberTools/src/boost-1.38.0 -I/include -I../src -I../include-I../src/eigen3b2 -DNDEBUG -DUSE_TINYXML ...查看全文

1148 2 0 0 分子模拟
关于frcmod参数的问题

饿货不傻

2018-11-27

新窗

我刚学习amber不久，做的是含有金属离子铂的动力学现在遇到问题是怎么做frcmod文件？还请各位高手指教查看全文

865 4 0 0 分子模拟
用AMBER计算季磷盐RESP电荷的问题

鸢浅情深

2018-11-27

新窗

小弟最近在用AMBER拟合季磷盐的RESP 电荷，发现无法计算，求教师兄说可能AMBER软件不认识磷元素，请问各路高手是这个原因么？紧急求教，不胜感激，如果AMBER真的不认识磷元素，求指点一个解决的办法。谢谢大家。[/ba ...查看全文

817 2 0 0 分子模拟

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