极客学术 -

2018-12-17

附件置顶

为了更好促进求职招聘版的发展，招聘各版版主，有意者请积极参加，随时联系我。[/backcolor]基本要求：[/backcolor] [/backcolor]1.及时回复版内新人咨询，有相对丰富的求职经验（kanke），热心助人；[/backcolor] [ ...查看全文

3604 1 0 0 版主招聘，申请及离职

极客学术积分规则

极客学术

2018-12-18

置顶

论坛总积分计算方程式：发帖数 * 0.5 + 威望 + 贡献 + 精华帖数 + 在线时间(小时) *.03 + 好友数 1.每天登录将获得2点极客币和5积分的增长。 2.参与论坛投票获得极客币1点同时总积分加1（此项每天只能获得10点） ...查看全文

3077 0 0 0 版主招聘，申请及离职

发帖奖励标准

极客学术

2018-12-19

置顶

帖子评分奖励和惩罚标准该标准适用于论坛各个版块（各区的区务版块不包括在内），个别区由于特殊原因会有所不同，在贴后会有说明。该标准只规定了奖罚的上下限，希望各位版主公平公正的评分。奖励标准中所提及的精 ...查看全文

3338 0 0 0 版主招聘，申请及离职

pymol下载

梦里清欢长

2019-1-3

新窗

谁知道pymol软件怎么下载，求大佬，非常感谢[/backcolor]

1236 8 0 0 图形可视化 [Pymol]

Gromacs中，小分子力场的生成

為愛停留

2019-1-3

新窗

大家好，初学GROMACS，在分子力场方面遇到了一个棘手的问题。我做的是小分子药物与另一分子对接之后的动力学模拟。首先我采用autodock将两分子对接，对接结果采用Pymol保存成复合物pdb格式的输入文件；然后用Gromscs ...查看全文

1364 7 0 0 图形可视化 [Pymol]

小白求助PDB中将蛋白与配体分开

貪戀妳的溫柔

2019-1-3

新窗

看了之前各位前辈的方法，尝试了以下：[/backcolor] 1、首先试了用写字板打开PDB文件，然后删除HETATM内容，得到的蛋白在Autodock里打开，在加水分子这一步就显示“No new selection:::HOH*:*”。最后查看对 ...查看全文

1299 7 0 0 图形可视化 [Pymol]

求助我导师让我学docking 但是我不知道怎么用pymol

感情废物

2019-1-3

新窗

求问怎么用pymol找ligand site啊…

1229 7 0 0 图形可视化 [Pymol]

使用Pymol处理了分子对接后的图，但是学校未购买软件

素年未逝

2019-1-3

新窗

使用Pymol处理了分子对接后的图，但是学校未购买软件，发文章可以用吗？求助。。[/backcolor] 如果不能用，那要通过那种方式解决呢？[/backcolor]查看全文

1305 6 0 0 图形可视化 [Pymol]

PYMOL软件的中文教程，想模拟核酸的结构

薄荷味的猫

2019-1-3

新窗

请大神指教：PYMOL软件如何模拟核酸的高级结构？[/backcolor]

1240 6 0 0 图形可视化 [Pymol]

谁能给个pymol的安装包，资源里的下了安不成。

曲终人再见

2019-1-3

新窗

rt

1268 5 0 0 图形可视化 [Pymol]

怎么在Pymol中选择蛋白质的修饰残基，命令是什么啊？望大...

花尽千霜默

2019-1-3

新窗

怎么在Pymol中选择蛋白质的修饰残基，命令是什么啊？望大神帮帮忙哈！

1235 5 0 0 图形可视化 [Pymol]

Pymol在选择Ca时 defined with 0 atoms.”怎么办呢？

软肋是你

2019-1-3

新窗

Pymol在选择Ca时“select carbon, name ca”总显示“Selector: selection "carbon" defined with 0 atoms.”怎么办呢？查看全文

1296 5 0 0 图形可视化 [Pymol]

对接结果疏水力显示软件

旧人不归

2019-1-3

新窗

autodock对接结果，pymol和DS无法显示疏水力，使用ligplot作图，发现很多典型的亲水氨基酸如asp arg 也会形成较强疏水作用，是否能根据软件给出的结果做出小分子配体能与asp arg产生疏水作用？[/backcolor] ...查看全文

1269 5 0 0 图形可视化 [Pymol]

求教：pharm mapper怎么提交不上去

浪者不回头

2019-1-3

新窗

因为课题内容需要，想用化合物反向对接一下，探索一下有无新的靶蛋白，但我用chemdraw,画完3D结构以后，又用pymol存的mol2格式，怎么submit第二步选完就提交不上，进行不下去？？？第一次用求大神指教?，谢谢[/backc ...查看全文

1252 5 0 0 图形可视化 [Pymol]

Vina对接的结果如何与目标蛋白分子保存在一个文件里以便...

空城依旧

2019-1-3

新窗

Autodock 4对接的结果(输出文件格式为xxx.dlg)可以用write complex功能与目标蛋白分子一起存成一个pdbqt文件，但Vina对接的结果（输出文件格式为xxx_vina.pdbqt）无法使用conformation里的write complex功能，那么该 ...查看全文

1252 5 0 0 图形可视化 [Pymol]

如何将自己的氨基酸序列转换获得.pdb格式文件

黑发尤物

2019-1-3

新窗

小弟最近需要进行蛋白三级结构的模拟建模，使用的软件是pymol、rasmol，但是这两个软件都是识别.pdb格式的蛋白序列文档，有没有大神教教我如何将自己手头上的氨基酸序列（.fasta）转换成可以被建模软件识别的.pdb格 ...查看全文

1680 5 0 0 图形可视化 [Pymol]

Pymol的作图技巧

墨染殇雪

2019-1-3

新窗

求pymol的高手，可以私聊，做好图了之后有答谢的哦。[/backcolor] 其实软件也熟悉的差不多了，就是感觉某地方或者模块没有了解，做不出想要的效果。[/backcolor] ...查看全文

1267 4 0 0 图形可视化 [Pymol]

求助，gromacs模拟后提取的轨迹不显示二级结构

生性寡淡

2019-1-3

新窗

为啥gromacs完成模拟之后用trjconv提取的轨迹不显示二级结构，用pymol和vmd都不显示，只显示loop状，求教为啥会这样呢？拿这样我如何检查轨迹运行中的二级结构的变化呢？[/backcolor] 另外如何解读dssp图呢？为什么d ...查看全文

1160 4 0 0 图形可视化 [Pymol]

哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么？可以识别么？

梦已醒心成灰

2019-1-3

新窗

哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么？可以识别么？为什么我模拟过之后出来的用pymol打开氨基酸序列里边就没有钙离子了呢？刚开始做分子动力学模拟，本科生小白，希望得到大家帮助[/backcolor] ...查看全文

1216 4 0 0 图形可视化 [Pymol]

新手求pymol入门方法

从不服输

2019-1-3

新窗

如题，之前从未接触过，现在想学却不知从何下手，而且对软件程序这行东西很木讷[/backcolor]查看全文

1234 4 0 0 图形可视化 [Pymol]

怎么给一个蛋白结构，中间加上亚铁血红素亚基？

因帅入狱

2019-1-3

新窗

用swiss model模拟出了酶的结构，但它应该是个含亚铁血红素的酶，模拟出来的结构不含亚铁血红素。[/backcolor] 我现在要做分子对接，要把亚铁血红素给它安上吧？[/backcolor] 这个用pymol怎么弄？[/backcolor] ...查看全文

1190 4 0 0 图形可视化 [Pymol]

求分享PYMOL软件

海岛奇兵

2019-1-3

新窗

生物化学初学者，求分享PYMOL软件！！！感谢

1701 4 0 0 图形可视化 [Pymol]

Gold对接，配体中出现不明原子，求debug

心软脾气硬

2019-1-3

新窗

我将蛋白质结晶中的配体抠出来，加氢，构象经过处理后接回蛋白质中。用不同的蛋白-配体复合物共对接了两次，用pymol和Discovery studio观察最终生成的结果文件，均发现羰基和羧基等处氧原子处多了2个不明（Unknown） ...查看全文

1226 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

版块导航

浏览过的版块