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楼主 |
发表于 2018-11-19 17:44:43
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只看该作者
谢谢您的帮助,您给我提供的例子我也在认真看,而且我以后还会继续看下去。
之前我是给石墨烯上层施加拉力,使用的是addforce命令,边界均为自由s,系综设置是:nvt temp 0.001 0.001 10。我希望通过模拟这么个过程,将所有的stress【2】加起来,再除以石墨烯的长度来得到拉力(我认为这相当于stress【2】除以体积再乘以横截面积,所以是除以石墨烯y方向的长度),我希望的结果呢,就是通过这个应力算得的拉力和我addforce算得的力相等或者近似差不多。现在我通过我的模拟,得到的力确实差不多,但是我还是不敢肯定(因为我后边又模拟了其他情况,下边会说),所以想请gromacs前辈帮忙做个结论。
我的第二个问题,是同样的模型,我使用fix move的方法,每隔一定steps之后minimize一下,我希望得到的结果是和上边的模拟对比一下,让产生同样的变形(位移)情况下,算得的力是相同的,因为这个对比需要先求出第二个(位移加载)模拟施加的拉力,所以才在第一个模拟中希望stress方法得到的力和addforce的力值相同,然后好在第二个模拟中使用stress方法计算拉力。
不知道我表述的明不明白,希望您,以及其他的前辈能够给以指点,我真心的表示感谢!! |
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