我模拟了一个protein-protein complex，查看轨迹文件时发现，两条链在处理轨迹的时候是分开的，而不是作为整体移动的，如图：
请问这种情况应该怎么处理，才能让两条链作为一个整体移动呢？我md已经跑完了，不会需要重新跑吧？

如果你生成top时是两条链的posre.itp,跑md的时候应该就会被拉开，这样的话你可以试试删掉PDB文件里面两条链之间的TRE那行再生成top试试，看看有几条链限制。

我生成top时是两条链的posre.itp，我改变了mdp中的参数设置，重新跑了下，发现这次两条链就没有分开了。可能是我一开始的参数设置不合理导致的吧。