请问大家，我想分析一个只有16个残基的peptide 的二级结构，可以用如下命令吗？
do_dssp -s md.tpr -f full.trr
可是好像非常慢，这是为什么呢？还有，得到的结果用什么工具看呢？十分感谢

貌似有很多人用VMD看

直接用GIMP就可以看生成的xpm文件。
也可以先用xpm2ps转换成eps文件，然后再用convert转化成png文件看。

1. 那为什么运行的很慢呢？我的命令有问题吗？
2. 可以说的再清楚点吗？转成eps文件后怎么办？
十分感谢

运行慢，第一个与你电脑的配置有关 另一个就是你计算了多长时间 反正我运行的时候还好 不是很慢阿
采用do_dssp 生成的xpm格式的，然后
xpm2ps -f xx.xpm -o xx.eps -di ps.m2p
ps.m2p这个文件在gromcs/share/top 下有 你可以拷到你计算的这个目录下来，对文件中的某些参数作修改 主要是用来调整输出显示，如刻度 以及横、纵轴的长度。 如果采用默认的 -di 可以不写.
最后 convert xx.eps xx.png
就可以看到图了 。

o 04023:
there is a slight error:
ps.m2p is exactly in 'gromcs/share/gromacs/top '