哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么？可以识别么？为什么我模拟过之后出来的用pymol打开氨基酸序列里边就没有钙离子了呢？刚开始做分子动力学模拟，本科生小白，希望得到大家帮助

请问同学，你的Gromacs软件在哪下载的

http://www.gromacs.org/Downloads

你的是金属蛋白么，你先试试用VMD打开你的轨迹。select “not water and not protein” 看看有没有你的钙离子。
如果是金素蛋白，金属离子移位比较严重的话，在平衡阶段最好先把金属限制住，到production的时候在松开试试