在跑完MD后，怎么用amber 11 分析两个分子间（protein 和ligand） ELE 和VDW，以前amber 8 都是用anal 组件分析，现在不知道怎么分析？轨迹文件里的ELE 和VDW包括了分子内的VDW（分子内各个原子之间的vdw相互作用）和ELE，MMPBSA分析的ligand、receptor和complex中的ELE 和VDW也是包括分子内ELE 和VDW。怎么才能只计算ligand和receptor之间的ELE 和VDW啊？请各位大侠指教一下。非常感谢。

在跑完MD后，怎么用amber 11 分析两个分子间（protein 和ligand） ELE 和VDW，以前amber 8 都是用anal 组件分析，现在不知道怎么分析？轨迹文件里的ELE 和VDW包括了分子内的VDW（分子内各个原子之间的vdw相互作用）和 ...
maplem 发表于 2011-10-20 20:24
1. amber8 中能用anal 组件分析吗？？这个我不太清楚，希望你能确定一下。
2. 我觉得你是想得到protein 与 ligand 间 ELE 、vdW 相互作用能随时间动态变化吧，而不是计算出time-averaged 能量值。
  我看过我师兄以前写过一篇关于integrase (IN,以下简写) 与 viral DNA (DNA) 结合模式文章，分析思路如下，希望对你能有所启示..
  a. 首先通过模建得到 IN-DNA 复合物，然后MD 一段时间，得到一段轨迹（2ns），但从RMSD plot 来看，总体不是很稳定。
  b. 上述轨迹中间某段比较平衡，于是取这段轨迹的平均结构作为下步SMD（steered MD）起始结构。
  c. 将该起始结构中DNA 沿着DNA与IN质心连线方向拉出4 angstrom，后进行恒速SMD。
  以上是背景材料，比较啰嗦...
  d. Running SMD 的目的是想挑取 modified complex model, 也就是得到比较合理的复合物构象用于下步分析。
  作者选取的标准是根据拉伸过程中 IN 与 DNA 相互作用能（ELE and vdW） 变化情况来判定的: ELE and vdW 都比较平稳,
  而且同时都比较低, 认为此时IN-DNA达到了能量上有利的状态。
问题是ELE、vdW 相互作用能是怎么计算出来的？我觉得是不是binding free energy components 中 ELE 、vdW 呢?
  如果说是这样的话，可以从 receptor, lignd, complex对应的 statistics.out 中将ELE vdW energies 提取出来计算（complex-rec-lig）
这样就得到了随时间变化的相互作用能（ELE，vdW, here）。
  大家怎么看。。