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新窗
如何在pymol分离叠在一起的小分子
封神
2018-12-5
新窗
想在AUTODOCK 进行蛋白与小分子对接,但是在pymol分离小分子的时候发现pdb中的小分子是两个一样的小分子但是叠加在一起的,请问怎么只取出来一个呢? ...
查看全文
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分子对接
autodock运行run autogrid时,没有报错,没生成map文件,新手求助
不可一世
2018-12-5
新窗
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分子对接
运行autogrid之前,logfilename 文件(glg)为何没有生成
啸珉
2018-12-5
新窗
网上也找了一些类似的情况,但还是没有解决问题,如果是目录设置的问题的话那么,具体如何操作呢?谢谢。 还有nice level 也没有生成这项具体是用来干什么的。 ...
查看全文
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分子对接
请教如何给蛋白添加溶剂化场
血舞
2018-12-5
新窗
请教如何给蛋白添加溶剂化场,不知道如何操作?
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分子对接
如何模拟蛋白的氨基酸化学修饰
流水若风
2018-12-5
新窗
需要模拟蛋白表面的羧基氨基酸被氨基化合物共价修饰,需要用什么软件?谢谢大家!!
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分子对接
求LINUX版的Schrödinger,最好是17版或18版
小楼夜听雨
2018-12-5
新窗
谁有LINUX版的Schrödinger 的分享一下,原来有人分享过17各种版本,只有LINUX版没下,学校最近刚买的服务器,需要LINUX版的。多谢!
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分子对接
MGLTools 转换pdb文件报错
侧耳倾听
2018-12-5
新窗
用MGLTools 中的prepare_ligand4.py处理ligand pdb文件时,总是报错“no Gasteiger parameters available”,你们有没有遇到过这种问题呢?求助解决方案,谢谢
查看全文
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分子对接
autodock在处理配体 detect root时报错
落叶凡尘
2018-12-5
新窗
报错内容如下,求具体原因,似乎时键长出问题了,小分子是用chemdraw画的 Traceback (most recent call last): File "D:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898 ...
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分子对接
pyrx软件怎么设置坐标?
性感的猪
2018-12-5
新窗
想咨询一下,使用pyrx软件进行对接,怎么设置对接的坐标,有x/y/z坐标数值,拖动方盒很麻烦,很难设置到你想要的坐标,请问有什么别的方法吗?多谢了! ...
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2003
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分子对接
求助!添加原子信息的AD4_parameters.dat 文件在哪里找呢
秋夜寒暄
2018-12-5
新窗
添加原子信息的AD4_parameters.dat 文件在哪找呢?各种都找不到,希望大神指点~
1890
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分子对接
zdock
纪念相遇
2018-12-5
新窗
有谁用过zdock吗?
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分子对接
AUTODOCK结果分析
笑苍穹
2018-12-5
新窗
已经利用autodock对接完成了,可是怎么查看相互作用的细节呢?能够利用PYMOL查看吗?求教程
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分子对接
autodock对接血红蛋白与氧气分子
独傲春秋
2018-12-5
新窗
尝试对接了4次,但都失败了,氧气并没有接上血红素,而且Fe周围的3个键全部断了 在保存pdbqt文件时系统提示4个FE no charge 论坛里是说要在AD4.1_bound.dat中加入金属离子参数 所以求助一下,加金属离子参数应该怎么 ...
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分子对接
autodock对接成功后,使用write complex导出结果,最后小分子...
绽开的血滴
2018-12-5
新窗
autodock对接成功后,使用write complex导出结果,最后小分子构型出错!以前同样的操作没有出现过错误,不知道是什么情况,求解答!
查看全文
1938
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分子对接
AutoDock在Show Interaction时出现Dimensions too large的错
残痕滴泪
2018-12-5
新窗
如题,AutoDock在Show Interaction时出现Dimensions too large的错误。 传不上图,只好复制一下了,错误是这样的: IDLE 1.2.2 ==== No Subprocess ==== >>> ERROR ***************************************** ...
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分子对接
autodock里的vina没有
素帐飘雪
2018-12-5
新窗
我看视频里的自动对接需要一个dock.pdbqt 这个是什么格式的文件 我也无法打开vina
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分子对接
有没有人会GOLD的共价对接啊~
魂不附体的妞
2018-12-5
新窗
求助: 现在正在做gold的共价对接,做的效果不是特别的好,请问各位大侠们,有没有gold共价对接的教程之类的~ 谢谢了!
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分子对接
虚拟筛选库的选择
心神不宁的郎
2018-12-5
新窗
pubchem,或者zinc都可以。用pyrx软件转换成pdbqt格式。可以实现约3000个化合物的同时转换。并且autodock官网有linux中的脚本。
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分子对接
vina 虚拟筛选log文件的分析的脚本
望誰回眸
2018-12-5
新窗
由于附件中不能上传pl文件,你把后缀的doc去掉。 脚本中已经包含了使用方法,vina筛选不明白的地方可以联系我。
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2014
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分子对接
蛋白来源
奈何桥上
2018-12-5
新窗
请教一下各位大神 在选择受体做对接时 为什么要优先考虑人源的呢?如果只有兔源的,可以做对接吗?和人源受体相比,差别在哪里?
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