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新窗
关于分子对接的一点问题要请教一下大家。
就这样
2018-12-5
新窗
刚接触分子对接有点问题想要问问大家,希望大家能指导我一下。 1、我是用vina来做对接的,对接盒子的中心位点怎么设置呢,是以大分子文件中的配体为中心吗?如果下载来的大分子不包含配体小分子的话怎么办?以大分子 ...
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分子对接
我做到dlg文件之后打不开了,求大神这是什么情况
东京樱花
2018-12-5
新窗
********************************* Traceback (most recent call last): File "C:\toolsssss\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\to ...
查看全文
2018
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分子对接
audock_win运行出现如下错误,请教各位大神
洒向巴黎的街
2018-12-5
新窗
Traceback (most recent call last): File "D:\Program Files (x86)\autodock\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "D:\Program Files (x8 ...
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分子对接
在autodock对接前,下载pdb受体原来的配体是否要删除
单纯的像孩子
2018-12-5
新窗
我需要做大批量的对接药物配体和受体筛选,原有的下载pdb受体蛋白质怎么处理好,直接用还是删除原有配体,采用什么方法或软件比较好啊,谢谢~! ...
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分子对接
GOLD进行共价对接
解释就是事实
2018-12-5
新窗
GOLD重复文献进行共价对接,结果Goldscore.Fitness值一直显示负值,请教是什么原因?
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分子对接
用ADL显示vina相互作用出错,求大神帮忙看看
白衬衫
2018-12-5
新窗
用autodocktools查看vina对接结果,用show interaction看对接作用的时候出错,如下 求大神帮忙看看应如何解决 Python 2.5.2 (r252:60911, Feb 21 2008, 13:11:45) [MSC v.1310 32 bit (Intel)] on win32 Type "copyr ...
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分子对接
Win版本LeDock运行出错的微软官方补丁
愛上自己的影子
2018-12-5
新窗
有些用户反应运行Win版本的LeDock出现以下运行错误: This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way. Please contact the application's support team for more information. ...
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分子对接
autodock vina 受体蛋白中含金属Mo报错
过客谁是谁
2018-12-5
新窗
Parse error on line 12281 i file "1n5x1.pdbqt":ATOM syntax incorrect:"Mo" is not a valid Autodock type.Note that AutoDock atom types are case-sensitive. 使用vina做虚拟筛选,受体是1n5x,它的活性中心含金 ...
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分子对接
从drugbank,如何下载可以直接导入AUTODOCK运行的配体
是我不好
2018-12-5
新窗
小弟刚刚研一 对分子对接 还没有入门,昨天导师发了一篇关于对接的文献,说是从DRUGBANK网站上下载小分子,可是下载下来,并不能直接导入软件运行。 ...
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分子对接
急急急急急!docking的问题
都是带着浅笑的
2018-12-5
新窗
docking的时候选择受体但不开,点了没反应,求解答
2040
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分子对接
vina温度
世间事无常
2018-12-5
新窗
哪位大神知道vina对接的温度是多少,可以更改吗?
1963
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分子对接
有关autodocktools 的parameter library-急求
随遇而安
2018-12-5
新窗
急求各位大神帮忙解决下问题,我做的是含有Pt的配体与蛋白之间的docking,在run autogrid 时出现问题如下: C:/Users/Administrator/Desktop/cisplatin/autogrid4.exe: ERROR: unknown ligand atom type Pt add par ...
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1965
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分子对接
受体与配体没有结合怎么办?
我有的唯有忍耐
2018-12-5
新窗
求指导~ 如图啊 在adt中 分析结果时 显示的配体与受体 完全是分开的 怎么办啊?
1944
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分子对接
结果分析求意见,第一次做,不会分析
sherry
2018-12-5
新窗
我做一个药物靶标与蛋白质受体的理论筛选,筛选结果的打分就是binding energy吗? 取一个打分最小的值么,如-12.26? 不知道怎么看结果
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分子对接
PyRx虚拟筛选
胭染苍白颜
2018-12-5
新窗
文献报道受体蛋白有三个结合位点,而且不同结合位点的化合物类型均有报道。小白想用PyRx软件对这三个结合位点各自进行虚拟筛选,首先对软件的可靠性进行分析,就是把文献报道的所有晶体复合物中的配体构建一个小分子 ...
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分子对接
有突变位点的对接问题
chole
2018-12-5
新窗
有文献显示,某一蛋白的肽链段中的氨基酸会发生改变,造成蛋白变化。能否手动修改PDB文件将氨基酸残基改变,营造突变位点。想问问大家,如何直接修改PDB文件?如果是直接修改PDB文件会不会改变蛋白二级三级结构?如 ...
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分子对接
受体中含有金属离子
ashley
2018-12-5
新窗
大家好,有没有人用autodock做过受体中活性部分含有金属离子的分子对接,交流一下经验,谢谢!
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分子对接
如何将Receptor上两条链中的两个ASP25氨基酸残基显示为求棍...
Catherine
2018-12-5
新窗
如何将Receptor上两条链中的两个ASP25氨基酸残基显示为求棍模型,求操作具体步骤
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分子对接
活性中心有金属离子的酶跟小分子底物的对接
alice
2018-12-5
新窗
小生想做一个活性中心有金属离子(锌离子)的酶跟小分子底物的对接,问题是没有锌离子的参数,参照教程完成不了此项工作还望各位前辈指导!
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分子对接
最后 show interactions 时 发生的错误 请教各位 错误在哪 如...
alira
2018-12-5
新窗
Traceback (most recent call last): File "C:\Python34\Lib\site-packages\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Python34\Lib\site-p ...
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