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蛋白SER残基特殊处理
望誰回眸
2018-11-28
新窗
大家好,我模拟的protein-lig体系中,蛋白的SER165残基需要将羟基上的氢原子去掉,但是amber默认的SER的羟基是完整的。 请问有什么办法能生成SER羟基氢原子不存在的蛋白crd文件和top文件的办法吗? ...
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分子模拟
PMEMD.cuda不能用FIND和SEARCH
奈何桥上
2018-11-28
新窗
发现:PMEMD.cuda不能用FIND和SEARCH,会报:Segmentation fault Restrain mslo backbone minimization 500.0 FIND CA * * * SEARCH RES 1 376 END END 即上面几行不能用,但pmemd就没事的。 可是就慢了不少! ...
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分子模拟
能否计算两个PDB文件之间的RMSD
东京樱花
2018-11-28
新窗
我分阶段跑MD,取个阶段的rst文件生成PDB,那么能否计算两个PDB之间的RMSD呢?如果可以的话,用什么可以计算! 还望大家指教!
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分子模拟
ambertools1.5安装老是出现问题如下 请高手帮忙
洒向巴黎的街
2018-11-28
新窗
Ambertools1.5 安装的时候 一直出现这种错误请问下是什么问题。谢谢 ------------------------------------------------------------- | CAUTION: | | | | If you have not al ...
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分子模拟
amber中限制原子距离——请高手指点
单纯的像孩子
2018-11-28
新窗
用amber 模拟蛋白质结构,固定活性空腔和小分子的氢键,是不是只需在升温中固定?生成dist文件时,出现下面的情况怎么解决啊? # makeDIST_RST Currently configured for up to 5000 atoms ERROR Argument (-upd) no ...
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分子模拟
discovery studio 的动力学轨迹用Amber的mm
白衬衫
2018-11-28
新窗
discovery studio 的动力学轨迹为dcd格式 可以用Amber的mm-pbsa分析吗? 如果可以,应该怎么处理?
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分子模拟
amber找不到mmpbsa
愛上自己的影子
2018-11-28
新窗
大家好,按照教程,我为什么在 AMBERHOME/exe下找不到mmpbsa呢? 只找到pbsa 请帮忙啊
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分子模拟
请问用Amber进行分子模拟时可以加细胞膜吗?
是我不好
2018-11-28
新窗
原来用Amber10.0来做分子动力学模拟,只是放在一个水盒子中。现在想在模拟时加上细胞膜,请问高手都是怎么做的?
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分子模拟
关于prep文件的生成
都是带着浅笑的
2018-11-28
新窗
我最近做了一个含有铂金属元素的配合物的动力学,但是在将其用gausssian优化后,用其log文件直接通过Amber中的antechamber生成prep文件时,貌似由于含有铂原子生成不了,所以我想请问各位师兄师姐,应该怎么解决这个 ...
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分子模拟
最小化分子晶体时报错
世间事无常
2018-11-28
新窗
请高手帮忙 我在模拟分子晶体时遇到了一些麻烦 如下: sander的版本为amber11中的新的 输入文件为: &cntrl imin = 1, maxcyc = 500, ncyc = 250, ntb = 1, igb = 0, ntr = 0, cut = 8 / 周期性盒子参数 为超胞 ...
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分子模拟
用leap加水遇到的问题
胭染苍白颜
2018-11-28
新窗
我按照教程利用solvatebox com TIP3PBOX 12.0对体系加水,然后用sander做MD模拟,但是我用VMD看跑出的轨迹时,我发现水分子越跑越散开,我特意下载了教程提供的轨迹文件用VMD看发现他的轨迹也存在着同样的问题,难道 ...
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分子模拟
amber 水盒子中限制性优化出错
sherry
2018-11-28
新窗
我在运行amber9的一个教程 在水盒子中限制性优化的一步出错。 错误信息是: [root@xxx ]# sander -O -i min.in -o *.min.out -c *.x -p delprmtop -r *.min.x Unit 10 Error on OPEN: refc 因为是初学,所以问题 ...
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分子模拟
AMBER能否做固定某两个或多个残基距离的MD计算
ashley
2018-11-28
新窗
大家好,我是最近刚接触Amber。 想对蛋白质分子做一些MD模拟计算,基本操作会一些。 现在想把某两个氨基酸之间的距离固定起来做计算。不知道有没有可能。 如果有可能的话是要在mdin文件里写入什么参数? 一些实例中 ...
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分子模拟
tleap 出现 fatal 急救
grace
2018-11-28
新窗
以下是在leap.log文件中出现的,输入命令saveamberparm后生成的prmtop和inpcrd文件全是空文件,有哪位高人知道怎么处理吗?或者哪里可以找到答案,谢谢啦! FATAL:Atom .R.A does not have a type. FATAL:Atom .R.A ...
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分子模拟
有关solvateshell的问题
chole
2018-11-28
新窗
大家好,由于我的体系太大,用solvatebox或solvateoct加的水太多,20000个左右,跑的太慢。所以决定用solvateShell ,这个形状不能用周期性边界条件,且需用隐式水模型。不知谁用过solvateshell,想问一下具体in文件 ...
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分子模拟
关于小分子的结构问题
PRICE
2018-11-28
新窗
目前我做的是一个含铂的小分子与核酸相互作用的动力学模拟,我将小分子与DNA复合物进行能量最优化后,发现小分子中与铂相连的原子全部断开了,甚至有的都跑掉了,以至于下面的模拟过程也进行不下去,我想请问各位师 ...
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分子模拟
请教用amber做md时出错,保存拓扑文件和坐标文件时
Catherine
2018-11-28
新窗
>Check gal checking 'gal'.... FATAL: Atom .R.Adoes not have a type 在检查时出现以上错误,请大侠们指教指教啊,
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分子模拟
Gaussian求得的力场参数怎样写入到力场参数文件中?
alice
2018-11-28
新窗
大家好,我准备把自己做的一个力场写入到AMBER的力场参数文件当中,请问有没有同学做过这方面的工作?
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分子模拟
小分子有机溶剂的MD过程中,发现小分子的结构改变了,是...
alira
2018-11-28
新窗
在做一小分子有机溶剂的MD过程,发现升温到360k的时候,有机小分子的结构发生改变, 接着报错: vlimit exceed。。。。。 是因为力场不对吗?(使用parm99力场) 多谢。 ...
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分子模拟
如何在amber里面添加多个分子?
Decadent
2018-11-28
新窗
要用amber建立一个包含分子A:B:C=10:40:1000的混合盒子体系,但是在建模时使用了addions添加分子B,C到分子A中时出现错误,请教各位高手怎么在盒子里面添加多组分的混合体系,应该用哪个命令进行建模? ...
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