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鸢浅情深
2019-1-3
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求大神指一二,下面的问题急需解答! 怎样查找某个蛋白的某种氨基酸; 找出所有氢键等等
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Pymol
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关于APBS计算结合自由能的问题
孤痞一刀
2019-1-3
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本人一新手,想计算抗原抗体的结合自由能。想采用APBS进行计算,但是官网上的关于binding energy的教学我不是很懂。其中有一点是用APBS的coulomb这个插件进行计算,我想问使用什么样的软件可以调用这个插件?之前我 ...
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图形可视化
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Pymol
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对接结果疏水力显示软件
旧人不归
2019-1-3
新窗
autodock对接结果,pymol和DS无法显示疏水力,使用ligplot作图,发现很多典型的亲水氨基酸如asp arg 也会形成较强疏水作用,是否能根据软件给出的结果做出小分子配体能与asp arg产生疏水作用? ...
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图形可视化
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Pymol
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Pymol在选择Ca时 defined with 0 atoms.”怎么办呢?
软肋是你
2019-1-3
新窗
Pymol在选择Ca时“select carbon, name ca”总显示“Selector: selection "carbon" defined with 0 atoms.”怎么办呢?
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图形可视化
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Pymol
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怎么在Pymol中选择蛋白质的修饰残基,命令是什么啊?望大...
花尽千霜默
2019-1-3
新窗
怎么在Pymol中选择蛋白质的修饰残基,命令是什么啊?望大神帮帮忙哈!
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Pymol做分子对接
烟花易冷
2019-1-3
新窗
有谁晓得Pymol做分子对接呀,软件是有了,但是不懂得怎么操作,有没有中文的使用教程或者视频可以分享一下呢
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图形可视化
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Pymol
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蛋白二级结构
风轻扬夏未央
2019-1-3
新窗
用pymol怎么标注二硫键?
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图形可视化
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Pymol
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pymol只显示viewer窗口,不显示外部窗口
浮生若梦
2019-1-3
新窗
如题,win 10 64位,pymol只显示viewer窗口,求解。不知道是不是因为这个版本就是这样,求好用的pymol安装包
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Pymol
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用sybyl对接后,用pymol导入蛋白和配体时,导入优化后的蛋...
身不由己
2019-1-3
新窗
请问,用sybyl对接后,用pymol导入蛋白和配体时,导入优化后的蛋白还是PDB网站下载的蛋白,进行画图?谢谢!我对接的 是1ysw蛋白,不知为什么pymol打不开优化后的蛋白,显示bad substructure id,请大神们帮助! ...
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Pymol
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pymol软件如何显示全部发挥作用的氨基酸?
七尺大乳
2019-1-3
新窗
将分子对接结果导入pymol中,想显示全部发挥作用的氨基酸,看了好多资料,好像要设置preset,不知道具体如何操作才可以!请各位大神帮帮忙!
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Pymol
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请问为什么用pymol打不开优化后的PDB:1ysw蛋白分子?显示如...
南昔烈酒
2019-1-3
新窗
ReadMOL2File-Error: bad substructure id 而可以打开其他蛋白晶体
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图形可视化
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Pymol
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新手求pymol入门方法
从不服输
2019-1-3
新窗
如题,之前从未接触过,现在想学却不知从何下手,而且对软件程序这行东西很木讷
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图形可视化
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Pymol
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pymol使用
积攒一身酷
2019-1-3
新窗
pymol的使用: 鄙人小白,最近学习pymol,打开一个pdb文件,经过修改后,想保存为pbd文件,但用pymol不知怎样保存该pbd格式,求大神教授。谢谢
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图形可视化
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Pymol
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pymol使用有点问题
全村人的希望
2019-1-3
新窗
pymol中显示不出残基,该怎么解决呀
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Pymol
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谁能给个pymol的安装包,资源里的下了安不成。
曲终人再见
2019-1-3
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rt
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Pymol
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关于使用pymol进行蛋白同源建模
天空之城
2019-1-3
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使用pymol进行预测蛋白和模板蛋白的模型对比,要标注出活性位点吗,已知的模板蛋白如何确定活性中心?最近快被pymol整疯了…希望和更多小伙伴交流… ...
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Pymol
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哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么?可以识别么?
梦已醒心成灰
2019-1-3
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哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么?可以识别么?为什么我模拟过之后出来的用pymol打开氨基酸序列里边就没有钙离子了呢?刚开始做分子动力学模拟,本科生小白,希望得到大家帮助 ...
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Pymol
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求教安装dock和pymol的问题
素婉纤尘
2019-1-3
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最近导师让做分子对接,需要用到dock和autodock两种软件。 我电脑是win10系统。问题是, 1. autodock vina需要下载Pymol, 然后我下的2.7.12版本,需要安个pip,我看官网的安装指导是 python pip-6.x.x-py2.py3-no ...
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有谁有Pymol的教程
情场剩女
2019-1-3
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求大神们分享一下pymol的教程
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请问如何对蛋白质的两端用其他基团封端呢?
我知道你都知道
2019-1-3
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我想用gromacs跑一个多条肽链的体系,但每次用-ter进行封端,对N段选择COOH,对C端选择NH2,但这样的话,跑着跑着他们都连接起来成了一条肽链了。。。我想用其他基团,比如甲氧羰基什么的,对N端进行封端,就不会让 ...
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