大家好，请教一个问题，在用gromacs做蛋白质分子模拟时，使用OPLS-AA/L力场，那么在MDP的参数设置中看到有如下设置：
rlist    = 1.0  ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb  = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw    = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
也有人是这样设置的：
rlist    = 0.9 ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb  = 0.9  ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw    = 1.4  ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
想请教一下如何选择 cutoff值，不胜感激！

首先 cut off 要<0.5*box size （cubic）
要明白rlist是对体系每一个原子进行short-range neighbor searching时将其周围的<rlist的原子设成一组，方便进行短程力的计算。
而选取不同的静电力（Cut-off，Ewald PME）和范德华力（Cut off，Switch）的计算方法时，rcoulomb和rvdw 的选取稍有区别。当所需计算的rcoulomb或者rvdw比rlist大时，rlist不能满足，静电力或范德华的方法就要选择cut-off。online手册上有详细的介绍。
http://manual.gromacs.org/online/mdp_opt.html