为啥gromacs完成模拟之后用trjconv提取的轨迹不显示二级结构，用pymol和vmd都不显示，只显示loop状，求教为啥会这样呢？拿这样我如何检查轨迹运行中的二级结构的变化呢？
另外如何解读dssp图呢？为什么dssp图上显示有小片段的beta-sheet结构，但我就是看不到呢。。。

不是有一个-s的选项吗，那就是指定二级结构，另外你也可以在pymol中用命令，dss来计算二级结构

我的确提取的是protein组，那如何在提取过程中强制其计算二级结构呢?另外我在dssp图中看到了很长一段非常稳定的βsheet结构，可是无论如何我都没办法提取到这个的构想…好着急，是因为形成βsheet的残基只有四个造成的不显示吗?

GMX提取的轨迹，可能是没有计算二级结构，在提取时应该制定运行输入文件中的结构；
另外，也有可能是提取轨迹时选取的index组不正确，提取整个protein组试试