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作者:听风暖 发表于 2018-10-24 14:23:57
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我是在自己账户下装的vasp.5.4.4,运行在机群上,

但是我同时提交三个并行计算任务,
却发现只有第一个任务跑的快点,第二任务也运行但是特别慢,第三个任务根本不运行,
删掉第二任务,第三个任务才开始运行,但是一样特别慢。


我测试了一下,同样PBE优化一个结构
机群原有的root账户下的5.4.1跑总时间1300s就结束了,usertime 1300s systime 0s
我自己编译的5.4.4,usertime 1700s, systime 1700s !!!

请问我的vasp编译哪里有问题?
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发表于 2018-10-24 14:24:18 | 显示全部楼层
贴出来你编译的makefile 或者请专业人员帮你编译
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 楼主| 发表于 2018-10-24 14:24:32 | 显示全部楼层
executed on             LinuxIFC date 2018.09.15  11:54:04
running on   40 total cores
distrk:  each k-point on   40 cores,    1 groups
distr:  one band on NCORES_PER_BAND=  10 cores,    4 groups
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 楼主| 发表于 2018-10-24 14:24:49 | 显示全部楼层
Total CPU time used (sec):     3232.626
                            User time (sec):     1793.227
                          System time (sec):     1439.399
                         Elapsed time (sec):     3246.114
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发表于 2018-10-24 14:25:04 | 显示全部楼层
你这样问,是得不到结果的。别人又不知道你的makefile.include是什么样子,用的什么编译器,以及处理器型号(会涉及到优化指令)
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 楼主| 发表于 2018-10-24 14:25:26 | 显示全部楼层
命里缺你 发表于 2018-10-24 14:25
你这样问,是得不到结果的。别人又不知道你的makefile.include是什么样子,用的什么编译器,以及处理器型号 ...

楼下是makefile以及环境变量,编译器等
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 楼主| 发表于 2018-10-24 14:25:53 | 显示全部楼层

# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\
             -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 \
             -Duse_collective \
             -DscaLAPACK \
             -DCACHE_SIZE=4000 \
             -Davoidalloc \
             -Duse_bse_te \
             -Dtbdyn \
             -Duse_shmem

CPP        = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)

FC         = mpif90
FCL        = mpif90 -mkl

FREE       = -free -names lowercase

FFLAGS     = -assume byterecl -w
OFLAG      = -O2
OFLAG_IN   = $(OFLAG)
DEBUG      = -O0

MKLROOT   = /udata/zxhu/intel/compilers_and_libraries_2018.3.222/linux/mkl
MKL_PATH   = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS       =
LAPACK     =
BLACS      = -lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)

OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o

INCS       =-I$(MKLROOT)/include/fftw

LLIBS      = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)


OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB    = $(CPP)
FC_LIB     = $(FC)
CC_LIB     = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB   = $(FREE)

OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# For the parser library
CXX_PARS   = icpc

LIBS       += parser
LLIBS      += -Lparser -lparser -lstdc++

# Normally no need to change this
SRCDIR     = ../../src
BINDIR     = ../../bin

#================================================
# GPU Stuff

CPP_GPU    = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK

OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o

CC         = icc
CXX        = icpc
CFLAGS     = -fPIC -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS

CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC       := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB   := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas

GENCODE_ARCH    := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \
                   -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
                   -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"

MPI_INC    = $(I_MPI_ROOT)/include64/
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 楼主| 发表于 2018-10-24 14:26:11 | 显示全部楼层

source /udata/zxhu/intel/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/udata/zxhu/intel/binPATH

source /udata/zxhu/intel/compilers_and_libraries_2018.3.222/linux/bin/compilervars.sh intel64
source /udata/zxhu/intel/compilers_and_libraries_2018.3.222/linux/bin/iccvars.sh intel64
export PATH=/udata/zxhu/intel/compilers_and_libraries_2018.3.222/linux/binPATH

source /udata/zxhu/intel/compilers_and_libraries_2018.3.222/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64
export LD_LIBRARY_PATH=/udata/zxhu/intel/compilers_and_libraries_2018.3.222/linux/mkl/lib/intel64LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/udata/zxhu/intel/lib/intel64LD_LIBRARY_PATH

export MPI_HOME=/udata/zxhu/openmpi
export PATH=$MPI_HOME/binPATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/libLD_LIBRARY_PATH

export PATH=/udata/zxhu/fftw/binPATH
export LD_LIBRARY_PATH=/udata/zxhu/fftw/libLD_LIBRARY_PATH
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 楼主| 发表于 2018-10-24 14:26:27 | 显示全部楼层
vasp是5.4.4,编译器用的是interl 的parallel xe 2018,openmpi 2.2.1,fftw3.8
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 楼主| 发表于 2018-10-24 14:26:50 | 显示全部楼层
我参考是这个帖子编译的 http://bbs.keinsci.com/thread-9186-1-1.html
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