RT，我用MS建立了一个6000分子的SPC水分子模型。但是得到的在293K的密度总是0.96这样，距离实际值或者SPC水分子的实验值都有0.2～0.3的差距（虽然看上去不算大，不过这没关系吗？）
我想知道这是什么导致的，density=mass(all)/(参数*vol)，但是mass是不变的，密度的体积就只跟体积有关了。为什么在温度到达293附近的时候波动还比较大（270～300上下波动），密度的波动（0.95～0.97上下波动）。请大牛们帮我分析一下到底哪里有问题。 in文件和data文件如下：
in文件：
units    real
dimension    3
boundary   p p p
atom_style   full
pair_style   lj/cut/coul/long 9.0 9.0
bond_style   harmonic
angle_style  harmonic
kspace_style   pppm 1.0e-4
read_data    water.lammps05
neighbor   2.0 bin
neigh_modify   delay 5 every 1
velocity   all create 298 4928459 dist uniform
variable   density equal mass(all)*10/(6.0221417930*vol)
timestep   0.01
thermo     2000
thermo_style   custom step temp press vol etotal v_density
fix      fixShake all shake 0.0001 100 0 b 1 a 1
fix      1 all npt temp 293.0 293.0 100 iso 1.0 1.0 1000 drag 0.2
run      100000
unfix    1
fix      2 all nve
dump     1 all custom 1000 dumpnve.lammpstrj id type xu yu zu
run      10000
data文件：
LAMMPS 2005 data file for water
6000 atoms
4000 bonds
2000 angles
  0 dihedrals
  0 impropers
2 atom types
1 bond types
1 angle types
0.000000000  39.107300000 xlo xhi
0.000000000  39.107300000 ylo yhi
0.000000000  39.107300000 zlo zhi
Masses
115.999400
2 1.007970
Pair Coeffs
1 0.1553000000 3.1660000000
2 0.0000000000 0.0000000000
Bond Coeffs
1 450 1
Angle Coeffs
1  47.0000 109.4700
Atoms
1  1  1  -0.82  7.597767833  9.408946512  5.391758138
2  1  2  0.41  6.641116667  9.263121029  5.557195421
3  1  2  0.41  7.756749235  8.739511125  4.691137645
……

MS建6000的水分子，你是怎么做的呢？我的电脑做不了那么多的分子，可不可以分享一下呀，先谢谢了。

不会建不了的，我用的是台4年的笔记本建立的，只是等待时间较久而已，出现问题可以贴图

能给个ms建立水分子水分子模型的例子么？初接触，求入门。。

我用自己的data文件，用楼主的in文件时出现这样的问题：运行到出现setting up run...
之后直接出现bad termination of one of your application processes
exit code：139等等
请问楼主出现过这样的问题没有？是不是lammps安装需要一个package我没有装？