最近尝试了一下安装gromacs4.6版本，但到了make阶段出现了错误，进行不下去了，也不知道怎么解决，不知道哪位童鞋能够帮忙看一下，谢谢~~
我是有安装gpu的，在cmake阶段gpu=on，也没报错。安装的cuda是5.0的，尝试过验证安装，也应该没问题，不知道怎么处理了……
[1%] Completed 'gmxfftw'
[1%] Built target gmxfftw
[1%] Building NVCC (Device) object src/gmxlib/gpu_utils/CMakeFiles/gpu_utils.dir//./gpu_utils_generated_gpu_utils.cu.o
In file included from /usr/local/cuda/include/cuda_runtime.h:59:0,
     from :0:
/usr/local/cuda/include/host_config.h:82:2: error: #error -- unsupported GNU version! gcc 4.7 and up are not supported!
CMake Error at gpu_utils_generated_gpu_utils.cu.o.cmake:198 (message):
Error generating
/home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/gmxlib/gpu_utils/CMakeFiles/gpu_utils.dir//./gpu_utils_generated_gpu_utils.cu.o
make[2]: *** [src/gmxlib/gpu_utils/CMakeFiles/gpu_utils.dir/./gpu_utils_generated_gpu_utils.cu.o] Error 1
make[1]: *** [src/gmxlib/gpu_utils/CMakeFiles/gpu_utils.dir/all] Error 2
make: *** [all] Error 2

unsupported GNU version! gcc 4.7 and up are not supported!
gcc 版本有问题吧

那是要重新装系统吗？还是说可以直接换个编译器，或者装两个版本的编译器？

unsupported GNU version! gcc 4.7 and up are not supported!
这好明显的，lz去看CUDA5 的手册 他要什么版本你就装一个嘛 这种问题应该先自己分析再提问的

编译器就是个小软件，装几个或者直接升级到新版都是可以的。

我一开始的时候并没想过是cuda安装的问题，因为进入example里面make，验证安装的时候是可以通过的。
开始认为可能是gromacs4.6的安装问题，因为我以前用的4.5，安装的方法不一样，第一次装4.6，而且又想试试gpu……
现在看来确实是编译器的问题，版本太高了，cuda5不支持4.7或者以上的的gcc版本，但gromacs官网就有这么一句话
“ For best performance, the GROMACS team strongly recommends you get the most recent version of your preferred compiler for your platform (e.g. GCC 4.7 or Intel 12.0 or newer on x86 hardware)”
……gromacs推荐4.7或以上，但本身cuda5并不支持4.7或以上……
好吧，我把编译器降一下级好了，谢谢各位

这种问题其实蛮常见的，也不必过分纠结，编译器通常都是经过了n多年的优化的，
如果你的CPU不是最近几个月才推出的，那么一般来说就算更老的版本性能的差别也不会非常的大（个别bug情况不算）。
如果用的Intel CPU可以试试intel自家的编译器，可能会有一定的提升，不过相对配置起来会麻烦一些。

嗯嗯，thx~