我的配体小分子和蛋白质之间即存在氢键作用，又存在疏水作用，我想定量的比较一下上述两种作用能的大小，请问用什么方法或软件可以实现？
请高人指点，谢谢！

一般可以通过index指定分组后，把能量分别从指定的组中提取出来
然后再对能量进行比较
但，这个可能达不到你所要求的定量分析。

用ligplot试试http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/ligplot/manual/index.html